Theo đó, mặc dù giấy phép hoạt động của Công ty vàng Bồng Miêu đã hết hiệu lực từ tháng 3/2016 nhưng Công ty này vẫn bất chấp hiệu lực văn bản, không dừng các hoạt động khai thác, chế biến vàng mà ngang nhiên khai thác khi chưa có sự chấp thuận của cơ quan. Sự việc bị Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Quảng Nam lập biên bản vi phạm vào ngày 15/6/2016.
Trước diễn biến sự việc, ngày 16/6, ông Huỳnh Khánh Toàn, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam đã ra văn bản yêu cầu Tổng Giám đốc Công ty vàng Bồng Miêu áp dụng biện pháp khẩn cấp, dừng hoạt động khai thác vàng và triển khai các biện pháp đảm bảo an toàn trong khu vực mỏ cho đến khi các cơ quan có thẩm quyền trả lời về gia hạn hoạt động dự án.
Đồng thời, UBND tỉnh Quảng Nam yêu cầu Công ty vàng Bồng Miêu khẩn trương vận chuyển vật liệu nổ ra khỏi khu vực khai thác, tập kết về bảo quản tại kho chứa vật liệu nổ theo đúng quy định trước 11h ngày 17/6/2016. Có biện pháp bảo vệ mỏ và các khu vực diện đã được giao, tránh tình trạng khai thác vàng trái phép làm mất an ninh trật tự, thất thoát tài nguyên, ô nhiễm môi trường,...
Được biết, Công ty vàng Bồng Miêu hoạt động theo giấy phép của Ủy ban nhà nước về hợp tác và đầu tư năm 1991 với thời hạn 25 năm. Và được Bộ Công nghiệp nặng cấp phép khai thác mỏ từ năm 1992 với thời hạn khai thác và hoạt động đến hết ngày 5/3/2016.
Tuy nhiên, tính đến giữa tháng 6/2016, khoản nợ thuế và tiền phạt chậm nộp của Công ty vàng Bồng Miêu đã lên đến hàng trăm tỷ đồng. Công ty đã bị Cục thuế tỉnh Quảng Nam phong tỏa tài khoản, vô hiệu hóa đơn 2 năm nay. Song Công ty vàng Bồng Miêu vẫn chây ỳ không chịu trả nợ. Đặc biệt, là phớt lờ các văn bản chỉ đạo của UBND tỉnh Quảng Nam cũng như của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam.