Nhằm tạo thuận lợi cho người nộp thuế (NNT) trong việc thực hiện nghĩa vụ kê khai thuế, đồng thời góp phần tích cực vào công cuộc cải cách thủ tục hành chính nói chung và thủ tục thuế nói riêng. Năm 2010, Tổng cục Thuế đã trình Bộ ban hành Thông tư giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế làm cơ sở pháp lý để NNT đăng ký, khai, nộp thuế điện tử.
Thực tế, việc khai thuế qua mạng Internet bằng chữ ký số được thực hiện một cách rất đơn giản chỉ với vài click chuột và đem lại hiệu quả rất thiết thực cho Doanh nghiệp: Không giới hạn số lần gửi 1 tờ khai, Không giới hạn về “Không gian”, Không giới hạn về thời gian, Tiết kiệm chi phí cho doanh nghiệp.
Căn cứ Thông tư số 166/2013/TT-BTC ngày 15/11/2013 của Bộ Tài chính quy định chi tiết về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và quy định về thời gian nộp hồ sơ thuế điện tử tại Khoản 4, Điều 8 Thông tư số 110/2015/TT-BTC ngày 28/7/2015 hướng dẫn giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế quy định:“Cơ quan thuế căn cứ thời gian nộp hồ sơ thuế điện tử ghi trên thông báo gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục thuế hoặc của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN để lập biên bản xử phạt vi phạm hành chính về hành vi chậm nộp hồ sơ thuế của người nộp thuế(đối với trường hợp phải lập biên bản theo quy định) và gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục thuế. Trường hợp trong thời hạn 3 ngày làm việc, người nộp thuế không có phản hồi, cơ quan thuế thực hiện ban hành Quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.
Trường hợp người nộp thuế không nộp hồ sơ khai thuế, cơ quan thuế căn cứ thông tin tiếp nhận nộp hồ sơ thuế điện tử và các thông báo đôn đốc nộp hồ sơ khai thuế đã gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để lập biên bản xử phạt vi phạm hành chính về hành vi không nộp hồ sơ khai thuế của người nộp thuế, gửi cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, đồng thời, gửi qua đường bưu chính để thực hiện thủ tục xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi không nộp hồ sơ khai thuế theo quy định".
Thực tế khi đăng ký kê khai qua mạng và nộp thuế điện tử, các đơn vị, tổ chức đều phải đăng ký một địa chỉ email nhận các thông báo của cơ quan Thuế. Theo đó, người nộp thuế cần thường xuyên kiểm tra thư điện tử theo địa chỉ thư điện tử đã đăng ký với cơ quan thuế, đăng nhập tài khoản giao dịch thuế điện tử trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để tra cứu, xem, in thông báo, văn bản cơ quan thuế đã gửi cho người nộp thuế.Đồng thời, thực hiện nộp hồ sơ khai thuế sớm so với quy định nhằm tránh trường hợp để sát ngày nộp không thành công dẫn đến bị phạt vi phạm hành chính về việc chậm nộp tờ khai thuế qua mạng.