Lý do VEC đưa ra tại đề xuất tăng thu phí là đoạn tuyến Cầu Giẽ - Ninh Bình đã hoàn thành đưa vào khai thác toàn tuyến từ ngày 30-6-2012 đến nay đã phục vụ khoảng 26 triệu lượt xe.
Trong khi đó, từ năm 2011 đến nay, chỉ số giá tiêu dùng tăng khoảng 21% so với thời điểm đưa dự án vào khai thác. Đầu năm 2016, VEC đã hoàn thành trải thảm lớp beton nhựa bù vênh và tạo độ nhám, với giá trị đầu tư khoảng 589,95 tỷ đồng. VEC cũng đồng thời đầu tư hoàn thành các hạng mục phụ trợ đảm bảo an toàn giao thông, mở rộng trạm thu phí, hệ thống kiểm soát, điều hành giao thông thông minh.
Chỉ số giá tiêu dùng tăng cộng với tăng đầu tư là hai nguyên nhân chính tạo áp lực phải tăng mức thu phí thêm 500 đồng mỗi km, đồng thời tăng thu cũng là để bù đắp chi phí, đảm bảo và nâng cao hiệu quả đầu tư dự án, tổ chức khai thác, vận hành dự án được tốt hơn.
Tuy nhiên, theo Vụ Chính sách thuế, các đề xuất tăng mức thu phí của VEC trên đoạn cao tốc này, trong thời điểm hiện nay, là chưa phù hợp với tình hình phát triển kinh tế - xã hội. Do vậy, trả lời của Bộ Tài chính là không đồng ý với đề nghị tăng thu phí của VEC trên đoạn cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình từ ngày 15-5.