Ngoài ra, các doanh nghiệp có rủi ro về sử dụng hóa đơn, chứng từ bất hợp pháp, về ưu đãi thuế, chuyển nhượng vốn, thương hiệu, chuyển nhượng dự án,... cũng là nội dung cần thanh kiểm tra.
Nội dung thanh tra khác được Tổng cục Thuế nêu lên là lựa chọn các doanh nghiệp có số hoàn thuế lớn hoặc có dấu hiệu rủi ro đã được kiểm tra trước khi hoàn thuế để thực hiện thanh tra toàn diện trong năm 2016.
Các cục thuế cũng được yêu cầu phối hợp với cơ quan liên quan để khai thác nguồn thu, chống thất thu trong các lĩnh vực như: chuyển nhượng đất đai, kinh doanh bất động sản, chuyển nhượng dự án, khai thác khoáng sản, kinh doanh viễn thông, điện, điện tử, ôtô, sữa, dược phẩm, kinh doanh của các tập đoàn bán buôn, bán lẻ,...
Theo số liệu 9 tháng, toàn ngành thuế đã thanh tra, kiểm tra được 55.713 doanh nghiệp, đạt 62,15% kế hoạch năm 2016. Tổng số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là trên 9.230 tỷ đồng, bằng 115,37% của cùng kỳ năm 2015. Số tiền thuế nộp vào ngân sách là hơn 4.818 tỷ đồng, đạt 52,2% số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra và bằng 87,03% so với cùng kỳ năm 2015.
