Như vậy, các doanh nghiệp báo thua lỗ trên 3 năm liên tiếp sẽ được đưa vào danh sách “đen” trốn thuế để điều tra.
Bộ tài chính sẽ có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan, có biện pháp thanh tra đối với các doanh nghiệp dạng này.
Ngoài ra, các bộ ngành khác cũng phải phối hợp với bộ Tài chính kiểm tra việc này.
Cụ thể, Bộ Tài chính sẽ điều tra các đối tượng nộp thuế của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp kê khai, thực hiện các giao dịch kinh doanh với các bên liên kết.
Các giao dịch liên kết theo dự thảo là các giao dịch phát sinh trong các mối quan hệ thương mại, kinh tế, tài chính giữa các bên có quan hệ liên kết trong quá trình sản xuất, kinh doanh.
Các giao dịch bao gồm: mua, bán, trao đổi, thuê, cho thuê, chuyển giao, chuyển nhượng hàng hóa, dịch vụ (gồm dịch vụ nội bộ tập đoàn; dịch vụ tài chính như vay, cho vay,…), tài sản hoặc sử dụng chung nguồn lực (hợp tác khai thác sử dụng nhân lực; hợp lực tập đoàn) phát sinh giữa các bên có quan hệ liên kết cũng nằm trong hạng mục điều tra.
Các cơ quan liên quan như Ngân hàng nhà nước phải trình các thông tin về giao dịch của doanh nghiệp có quan hệ liên kết với các đối tác nước ngoài trong trường hợp cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra.
Đồng thời NHNN cũng phải cung cấp số liệu về các khoản vay của doanh nghiệp Việt Nam với các công ty nước ngoài là các công ty có giao dịch liên kết và các đơn vị có liên quan theo đề nghị của cơ quan thuế. Những số liệu này bao gồm dữ liệu về giá trị khoản vay, hạn mức khoản vay, lãi suất, thời hạn trả lãi, trả gốc, thực tế giải ngân, lãi vay đã trả và các thông tin liên quan khác.
Các cơ quan khác như Bộ Khoa học và Công nghệ phải có trách nhiệm xây dựng quy định về chuyển giao công nghệ, tài sản sở hữu trí tuệ phục vụ công tác quản lý giá chuyển nhượng.
Trước đó, nhằm ngăn chặn những hình thức chuyển giá đang diễn ra ngày một tinh vi, phức tạp gây thất thu cho ngân sách Nhà nước, Bộ Tài chính đã thành lập phòng Thanh tra giá chuyển nhượng thuộc Tổng Cục thuế và 4 địa phương có nhiều rủi ro liên quan đến giá chuyển nhượng gồm: Hà Nội, TP. Hồ Chí Minh, Bình Dương và Đồng Nai.
Theo báo cáo của Tổng cục Thuế, năm 2015, cơ quan Thuế đã thanh tra, kiểm tra được 79.297 doanh nghiệp, qua đó tăng thu hơn 12.350 tỷ đồng. Tổng số giảm lỗ là hơn 23.000 tỷ đồng, tăng 17% so với năm 2014; số tiền thuế nộp vào ngân sách đạt 74%.
Cũng trong năm 2015 cơ quan thuế đã tiến hành thanh tra, kiểm tra được 4.751 doanh nghiệp lỗ, có dấu hiệu chuyển giá và doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết, giảm lỗ 10.050,17 tỷ đồng. Điển hình là việc phát hiện Metro Cash & Carry chuyển giá sau 12 năm hoạt động tại Việt Nam, truy thu hơn 507 tỷ đồng.