Dự thảo Luật quy định tới ba loại quỹ hỗ trợ, bao gồm: quỹ phát triển DNNVV, quỹ bảo lãnh tín dụng và quỹ hỗ trợ khởi nghiệp sáng tạo của địa phương.
Ngoài ra, DNNVV được áp dụng mức thuế suất thấp hơn 3%, doanh nghiệp siêu nhỏ được áp dụng mức thuế suất thấp hơn 5% so với mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.
Tuy nhiên, những đề xuất trên chưa thực sự nhận được sự đồng tình cao của các đại biểu tham dự Phiên họp.
Theo Ủy ban Kinh tế của Quốc hội, các quỹ được quy định trong dự luật, báo cáo thẩm tra của thường trực là các quỹ tài chính nhà nước, hoạt động theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng. Trong khi việc thành lập quá nhiều quỹ mà hiệu quả thực chất đem lại chưa tương xứng, không những thế DNNVV khó tiếp cận các nguồn vốn, trong khi quỹ gây áp lực cho ngân sách.
Phó chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển cho biết, Dự án luật vẫn không tạo được sự đồng thuận của các bộ, hàng loạt vấn đề có sự “vênh” nhau giữa ý kiến các bộ. Trong đó, Bộ Tài chính thì gần như bác hết các điều kiện liên quan đến hỗ trợ về thuế; Ngân hàng Nhà nước thì đề nghị bỏ các quy định hỗ trợ thông qua công cụ chính sách tiền tệ; Bộ Công thương lo đến khả năng bị kiện ra Tổ chức Thương mại thế giới nếu một số quy định tại dự thảo luật được áp dụng.
Trả lời những thắc mắc trên, Bộ trưởng Nguyễn Chí Dũng cho biết, Bộ KHĐT đã thành lập Ban soạn thảo, mời các bộ, ngành liên quan tham gia nhưng các bộ đều cử không đúng người tham dự, nay cử người này, mai cử người khác. Các cuộc họp hầu hết các bộ chỉ xem xét Dự thảo luật có ảnh hưởng gì tới bộ mình không, chứ không mang tư tưởng rằng đây là vấn đề lớn của đất nước, nhu cầu bức xúc của cộng đồng doanh nghiệp.
Ông Dũng cho rằng, cách làm luật của các bộ, ngành xưa nay không đến nơi đến chốn, thiếu trách nhiệm. Nên dù ban soạn thảo rất công phu dự thảo nhưng không ai cho ý kiến đóng góp, rồi đẩy lên Thủ tướng, Chính phủ... Đã phải họp rất nhiều cuộc để ra được bản dự thảo cuối cùng trình lên Thường vụ Quốc hội.