Cụ thể, đêm 4/6, về phân công trực tại cảng sông Hàn có các lực lượng trực hàng đêm. Bao gồm: Cảng vụ Đường thủy nội địa, Đội Quản lý Cảng sông Hàn, Thanh tra Sở GTVT, Bộ đội Biên phòng, Đội CSGT đường thủy. Công tác trực được phân công thực hiện theo quy trình và có sổ trực, ghi chép đầy đủ.
Về số lượng cán bộ tham gia trực, điều tiết hoạt động của cảng trong ca trực đã xảy ra tai nạn, gồm đại diện Cảng vụ có 3 người, Đội Quản lý Cảng sông Hàn có 3 người, Thanh tra Sở GTVT 1 người, Đội CSGT đường thủy có 1 người, Bộ đội biên phòng có 2 người. Như vậy, tổng số đại diện cơ quan chức năng trong ca trực đêm 4/6 tại cảng sông Hàn là 10 người.
Các lực lượng này cùng phối hợp với nhau để làm thủ tục cho 68 lượt, với 22 phương tiện và 1.204 khách. Sở GTVT đánh giá đây là lượng khách khá đông trong đêm.
Quy trình làm thủ tục được Cảng vụ đường thủy nội địa áp dụng từ ngày 18/12/2015, với 3 ca/ngày liên tục mỗi ngày.
Với tàu Thảo Vân 2, báo cáo của Sở GTVT cho biết, lợi dụng tình hình đông khách và các lực lượng đang tập trung xử lý thì phương tiện, chủ tàu này đã tự ý bắt khách và nhanh chóng vận chuyển ra sông, trong vòng 10-15 phút thì xảy ra tai nạn.
Như vậy, Sở GTVT xác nhận tàu Thảo Vân 2 đã tự ý bắt khách du lịch lên tàu, và là bắt số lượng khách gấp đôi khả năng chuyên chở của tàu. Sau đó mới nổ máy ra ngoài sông, với tổng thời gian là trong vòng 10 - 15 phút
Cũng báo cáo của Sở GTVT cho biết, nhiều ngày trước khi xảy ra tai nạn, thanh tra Sở, Cảng vụ đường thủy nội địa, CSGT đường thủy... đã nhiều lần mời chủ phương tiện, lái tàu Thảo Vân 2 đến làm việc, lập biên bản vi phạm hành chính và yêu cầu chấm dứt việc đưa phương tiện ra hoạt động kinh doanh.
Tuy nhiên, vụ tai nạn đã xảy ra, có nghĩa các biện pháp này đã không được chủ tàu chấp hành, đồng thời các biện pháp quản lý tại cảng sông Hàn đã không phát huy tác dụng.
Theo Sở GTVT Đà nẵng, đến nay Sở đã cấp phép cho 17 doanh nghiệp, hộ kinh doanh với tổng số lượng phương tiện là 27 chiếc. Có 3 phương tiện chưa đủ điều kiện cấp phép vận tải (Hoàng Long Yến, Đại Thành, Thảo Vân 02).
Tính từ đầu năm đến nay, tổng số lượt phương tiện xuất bến và cập bến an toàn là 8.848 lượt, với tổng số hành khách 98.628 người.
Riêng trong tháng 5/2016 có 1.911 lượt phương tiện, với tổng số 23.238 lượt hành khách xuất bến cảng sông Hàn. Đạt bình quân 774 lượt hành khách/đêm và 63 lượt phương tiện/đêm.
Bốn bước quy trình kiểm soát tàu ra vào cảng sông Hàn:
Bước 1: Thuyền trưởng hoặc chủ phương tiện liên hệ, thông báo với Cảng vụ, Đội Quản lý cảng sông Hàn để biết kế hoạch và thời gian phương tiện rời bến và trình làm thủ tục (Giấy tờ phải nộp Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường còn hiệu lực; Sổ danh bạ thuyền viên, giấy phép rời cảng bến cuối cùng; Giấy chứng nhận đăng ký phương tiện thủy nội địa; Bằng hoặc giấy chứng nhận khả năng chuyên môn, chứng chỉ chuyên môn của thuyền viên, người lái phương tiện; Hợp đồng vận chuyển hành khách, danh sách hành khách).
Bước 2: Cảng vụ Đường thủy nội địa tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra tính hợp lệ và đầy đủ giấy tờ theo quy định và yêu cầu bổ sung hoàn thiện nếu hồ sơ chưa đầy đủ. Trường hợp đầy đủ sẽ giải quyết ngay.
Bước 3: Cảng vụ và Đội Quản lý cảng sông Hàn đối chiếu kiểm tra số lượng hành khách đăng ký lên tàu so với số lượng hành khách cho phép của phương tiện trước khi cấp phép rời bến.
Bước 4: Sau khi có giấy phép rời bến thuyền trưởng trình báo đến Trạm biên phòng cửa khẩu sông Hàn kiểm soát cuối cùng trước khi phương tiện rời bến.