Trước đó, các cơ quan chức năng của Khánh Hòa đã thực hiện một số thủ tục để triển khai Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội Đặc khu Bắc Vân Phong như: dự thảo nhiệm vụ quy hoạch, chuẩn bị công tác lựa chọn nhà thầu tư vấn lập quy hoạch…
Tuy nhiên, do Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt vẫn chưa được Quốc hội thông qua nên quá trình triển khai lập quy hoạch khu vực bắc Vân Phong theo định hướng đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt gặp nhiều khó khăn, vướng mắc khi chưa xác định được cơ sở pháp lý, trình tự thủ tục, nội dung quy hoạch, hội đồng thẩm định và các nội dung liên quan khác.
Việc điều chỉnh quy hoạch chung xây dựng khu vực Bắc Vân Phong theo định hướng phát triển thành Đặc khu Bắc Vân Phong vì thế cũng chưa được triển khai.
Trong khi nửa Nam Vân Phong đã có một số dự án đi vào hoạt động và đang xây dựng, như: Nhà máy Tàu biển Hyundai Vinashin, Kho xăng dầu ngoại quan Vân Phong, Nhà máy Nhiệt điện Vân Phong 1, Khu công nghiệp Ninh Thủy, Cảng tổng hợp Nam Vân Phong… thì ở khu vực Bắc Vân Phong, do chủ trương xây dựng đặc khu có từ năm 2012 nên chưa triển khai lập quy hoạch các khu chức năng cho phù hợp.
Trong báo cáo gửi Thủ tướng Chính phủ, UBND tỉnh Khánh Hòa cho rằng, theo định hướng quy hoạch chung đã được phê duyệt, một số khu chức năng và đất chưa sử dụng cần điều chỉnh và bổ sung các nội dung cho phù hợp với tình hình thực tế để kêu gọi đầu tư.
Cụ thể, về khu phi thuế quan, theo quy hoạch đã phê duyệt có diện tích khoảng 920ha, còn khoảng 320ha chưa được định hướng quy hoạch. Các cơ sở và trung tâm công nghiệp ngoài khu phi thuế quan như: khu công nghiệp tập trung tại dốc Đá Trắng quy mô khoảng 300ha; khu phát triển công nghiệp Hòn Khói quy mô 250ha; một số phân khu chức năng công nghiệp khác cần được định hướng thành khu công nghiệp, điều chỉnh lại vị trí và quy mô để thuận lợi cho việc kêu gọi đầu tư.
Bên cạnh đó, khu vực Tuần Lễ - Hòn Ngang có diện tích tự nhiên khoảng 1.200ha, trong khi định hướng quy hoạch khu vực này cho các khu dịch vụ - du lịch - đô thị chỉ khoảng 572ha. Phần còn lại được định hướng là cây xanh sinh thái và mặt nước cần điều chỉnh cho phù hợp để khai thác hiệu quả quỹ đất. Các khu đô thị đa chức năng từ nam Tu Bông đến đèo Cổ Mã khoảng 900ha, trong khi khu vực này có diện tích tự nhiên khoảng 2.050ha.
