Cụ thể, theo thông tin từ Công ty CP BOT QL2, theo hợp đồng được ký giữa nhà đầu tư với Bộ GTVT, thì dự án BOT QL2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên được lập 2 trạm thu phí chính (trạm số 1 và số 2) và 2 trạm phụ (Trạm Chèm và Trạm Xuân Hòa) thu phí các phương tiện đi vào dự án BOT QL2.
Trong đó, tuyến đường trục đô thị mới Mê Linh đấu nối vào tuyến BOT QL 2 tại lý trình Km19+500 (QL2) sau khi thông xe, phần lớn các phương tiện từ Hà Nội đi Vĩnh Yên và các tỉnh phía Bắc sẽ đi trên tuyến này mà không qua trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài và trạm số 1 dự án BOT QL2 đặt tại Km12+400 (QL2), ảnh hưởng lớn đến hiệu quả của dự án.
Vì vậy, Công ty BOT QL2 đã lập trạm thu phí trên tuyến trục đô thị mới Mê Linh (Trạm thu phí số 3) để thu phí các phương tiện đi từ trục đô thị Mê Linh vào QL2 và được Bộ GTVT chấp thuận.
Ngoài ra, UBDN tỉnh Vĩnh Phúc cũng đã chấp thuận việc xây dựng trạm thu phí số 3 và xóa bỏ 2 trạm phụ phụ tại Chèm và Xuân Hòa, chấp thuận phạm vi mốc giới địa điểm xây dựng trạm thu phí số 3 tại xã Đạo Đức huyện Bình Xuyên, Vĩnh Phúc. Công ty đã có tờ trình Tổng Cục Đường bộ Việt Nam xin thỏa thuận báo cáo kinh tế kỹ thuật công trình Trạm thu phí số 3.
Trước mắt, Công ty BOT QL2 xin Bộ GTVT trong thời gian trước mắt, Công ty sẽ di dời ngay 2 trạm thu phí phụ đến vị trí Trạm thu phí số 3 đã được UBND tỉnh Vĩnh Phúc chấp thuận tiện trục đô thị Mê Linh để thực hiện thu phí đối với các phương tiện đi vào dự án BOT QL2 kể từ ngày thông xe 15/11/2016, sau đó sẽ triển khai xây dựng Trạm thu phí số 3 theo quy mô đã được chấp thuận.
