Cũng trong năm 2016, qua thanh, kiểm tra các dự án BOT giao thông, Thanh tra Bộ GTVT đã kiến nghị giảm thời gian thu phí hoàn vốn đối với hàng loạt dự án. Trong đó có những dự án giảm hàng chục năm.
Cụ thể, Dự án mở rộng QL1A đoạn tránh TP. Thanh Hóa được kiến nghị giảm thời gian thu phí tới 19 năm 11 tháng. Trước đó, dự án có thời gian thu phí dự kiến là 30 năm 8 tháng. Sau khi điều chỉnh thời gian thu phí, trạm thu phí hoàn vốn dự án này (đặt tại khu vực Dốc Xây, ranh giới Ninh Bình và Thanh Hóa) sẽ dừng hoạt động trong 3 năm tới.
Cũng tại miền Trung, Dự án tuyến tránh TP. Vinh, tỉnh Nghệ An được kiến nghị giảm 7 năm 5 tháng thời gian thu phí. Dự án đầu tư xây dựng Quốc lộ 1 đoạn tránh thành phố Hà Tĩnh giảm 3 năm 8 tháng 11 ngày.
Dự án xây dựng hầm đường bộ qua đèo Ngang được kiến nghị giảm 7 năm 10 tháng 4 ngày. Với kiến nghị này, tính ra dự án này đã thu phí vượt 2 năm, do đó Bộ GTVT đã yêu cầu Nhà đầu tư dừng thu phí từ ngày 30/11/2016.
Tại Tây Nguyên, Dự án đầu tư nâng cấp, mở rộng đường Hồ Chí Minh đoạn Km734+600 - Km765, Đắk Nông được kiến nghị giảm 10 năm 7 tháng thời gian thu phí. Tương tự, Dự án đầu tư nâng cấp, mở rộng đường Hồ Chí Minh đoạn Km1610 – Km1667+570 thuộc Pleiku, tỉnh Gia Lai kiến nghị giảm 8 năm 4 tháng. Dự án đầu tư nâng cấp, mở rộng đường Hồ Chí Minh đoạn Km678+734 - Km704, tỉnh Đắk Lắk giảm 3 năm 3 tháng 12 ngày.
Khu vực phía Bắc có Dự án cải tạo nâng cấp QL2 đoạn Vĩnh Yên - Nội Bài đoạn km7+880 - Km29+800 kiến nghị giảm 6 năm 9 tháng thời gian thu phí. Dự án cải tạo, nâng cấp QL10 đoạn từ cầu La Uyên đến cầu Tân Đệ kiến nghị giảm 2 năm 5 tháng thu phí. Dự án xây dựng cầu Yên Lệnh thuộc quốc lộ 38 kiến nghị giảm 4 năm 3 tháng thời gian thu phí.