Phó Thủ tướng Chính phủ Trịnh Đình Dũng làm Trưởng ban. Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng làm Phó Trưởng ban.
Các thành viên là các Thứ trưởng (hoặc tương đương) trở lên thuộc các bộ, cơ quan ngang bộ: Bộ Kế hoạch và Đầu tư; Bộ Tài chính; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam; Bộ Thông tin và Truyền thông; Bộ Công Thương; Bộ Xây dựng; Bộ Y tế; Văn phòng Chính phủ; Thanh tra Chính phủ. Thư ký Ban Chỉ đạo là Cục trưởng Cục Quản lý đấu thầu, Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành trong lĩnh vực đấu thầu qua mạng.
Bên cạnh đó, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương, tổng công ty, tập đoàn kinh tế nhà nước giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành trong việc triển khai thực hiện Kế hoạch tổng thể và lộ trình áp dụng đấu thầu qua mạng; giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành có liên quan trong việc thực hiện những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến lĩnh vực đấu thầu qua mạng.
Ban Chỉ đạo hoạt động theo cơ chế đề cao trách nhiệm của Trưởng ban. Các thành viên Ban Chỉ đạo hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm. Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo, chịu trách nhiệm bảo đảm các điều kiện hoạt động của Ban Chỉ đạo.
