Tên lửa Iskander có hai loại: Tên lửa đạn đạo và tên lửa hành trình có cùng một hệ thống dẫn đường và cùng một đầu đạn cassette với các đầu đạn thứ cấp. Để tránh bị đánh chặn, tên lửa đạn đạo 9М723 cơ động mạnh trong quá trình tăng tốc và trong quỹ đạo bay, nhưng giai đoạn cuối đầu đạn tên lửa sẽ bổ nhào xuống mục tiêu theo phương thẳng đứng.
Tên lửa 9М723 được phủ một lớp vật liệu tàng hình, làm giảm sự nhận biết trên màn hình radar đánh chặn. trong quá trình bay tên lửa có thể nhận các thông tin tọa độ mục tiêu, cho phép tấn công hiệu quả các mục tiêu di động như tàu thuyền hạng nặng hoặc các xe cơ giới
Hệ thống tự dẫn của tên lửa là dẫn đường quán tính trên giai đoạn phóng và bay hành trình (trong khai thác sử dụng các nhà khoa học đưa vào hệ thống đinh vị vệ tinh GLONASS, trong giai đoạn cuối đầu đạn tự dẫn bằng quang điện tử.
Khả năng phá hủy được Iskander bằng các phương tiện đánh chặn phòng không – tên lửa rất thấp. Để tấn công một mục tiêu dự kiến sẽ có đến 8 đầu đạn thứ cấp 9М723. Trong chiến tranh hạt nhân, mỗi đầu đạn có sức công phá lên đến 50 KT.
