Theo cáo trạng, tháng 8/2012, ông Đặng Thanh Bình là người ký tờ trình Chính phủ đề xuất chấp thuận phương án tái cơ cấu VNCB - thời điểm này vẫn mang tên ngân hàng Đại Tín.
Thời điểm này, ngân hàng Đại Tín được phân loại là ngân hàng yếu kém, phải giám sát đặc biệt. Do đó, trên cơ sở tờ trình của cơ quan thanh tra giám sát NHNN, ông Bình cũng là người ký quyết định thành lập tổ giám sát hoạt động của VNCB trong giai đoạn tái cơ cấu.
Trong phương án tái cơ cấu có nội dung chuyển nhượng cổ phần giữa nhóm cổ đông Phú Mỹ (do bà Hứa Thị Phấn làm đại diện) cho nhóm cổ đông Thiên Thanh (do ông Phạm Công Danh làm đại diện).
Cáo trạng cáo buộc ông Bình đã không thực hiện đúng phương án tái cơ cấu được phê duyệt trong việc kiểm tra năng lực tài chính của nhóm cổ đông Thiên Thanh. Từ đó, tạo điều kiện cho nhóm cổ đông này điều hành và sử dụng VNCB để phạm tội.
Dưới điều hành của nhóm cổ đông Thiên Thanh, VNCB bị âm vốn chủ sở hữu hơn 18.000 tỷ đồng, gấp 4 lần so với lúc chưa tái cơ cấu, nợ hơn 38.000 tỷ đồng.
Kết quả điều tra cho thấy, Phạm Công Danh và đồng phạm đã làm VNCB thiệt hại hơn 9000 tỷ đồng.
Về trách nhiệm tổ giám sát hoạt động của VNCB trong giai đoạn tái cơ cấu, cáo trạng cáo buộc một số thành viên tổ đã có sai phạm. Theo đó, ông Hà Tấn Phước, Lê Văn Thanh, Phạm Thế Tuân và Ngô Văn Thanh đã không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao, để Phạm Công Danh và các đồng phạm thực hiện các hành vi phạm tội, rút tiền của VNCB và gây thiệt hại.
Cáo trạng cáo buộc bị can Hà Tấn Phước phải có trách nhiệm liên quan đối với.454 tỷ đồng thiệt hại của VNCB, bị can Lê Văn Thanh có trách nhiệm với 6.591 tỷ đồng, bị can Phạm Thế Tuân có trách nhiệm liên quan đến số 3.454 tỷ đồng và bị can Ngô Văn Thanh có trách nhiệm liên quan đến số tiền 10.046 tỷ đồng.
