Đồng thời, Phó Thủ tướng cũng chỉ đạo UBND TP. Hải Phòng phải tổ chức tổng hợp ý kiến, kiến nghị của các hiệp hội, doanh nghiệp và trình HĐND thành phố tại kỳ họp gần nhất để cân nhắc, xem xét điều chỉnh mức thu phí, đảm bảo tuân thủ quy định của pháp luật phí, lệ phí và pháp luật khác có liên quan, phù hợp với khả năng đóng góp và tính cạnh tranh của các doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu, tạo môi trường đầu tư kinh doanh thuận lợi tại Việt Nam theo như chỉ đạo của Chính phủ tại các Nghị quyết số 19-2016/NQ-CP ngày 28/4/2016 và số 35/NQ-CP ngày 16/5/2016.
Rút kinh nghiệm từ Hải Phòng, Phó thủ tướng cũng yêu cầu Bộ Tài chính phải "thường xuyên theo dõi, giám sát các địa phương trong ban hành quy định về phí và lệ phí; kịp thời xử lý các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện".
Bộ Tài chính cũng phải chủ trì phối hợp với Bộ TT&TT và các cơ quan liên quan thường xuyên tổ chức họp báo, cung cấp các tài liệu, báo cáo về chính sách và việc thực hiện các quy định của pháp luật phí và lệ phí kịp thời, đầy đủ đến các cơ quan báo chí để thông tin rộng rãi tới doanh nghiệp và người dân.
Phó thủ tướng giao Bộ TT&TT chỉ đạo các cơ quan thông tấn, báo chí trong thông tin, tuyên truyền về chính sách phí và lệ phí nói chung và chính sách thu phí sử dụng công trình, kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ, tiện ích công cộng khu vực cửa khẩu nói riêng, bảo đảm đúng với quy định của pháp luật về phí và lệ phí.
Trước đó, như VietTimes đã dẫn, thành phố Hải Phòng đã tiến hành các thủ tục để bổ sung đối tượng phải nộp phí hạ tầng cảng biển cho ngân sách thành phố.
Theo đó, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua khu vực các cảng trên địa bàn thành phố sẽ phải chịu mức phí 250 nghìn đồng/container 20 feet; và 500 nghìn đồng/container 40 feet; đối với hàng rời, hàng lỏng mức phí là 20 nghìn đồng/tấn. Các loại hàng hóa liên quan đến tạm nhập tái xuất, kho ngoại quan, quá cảnh, chuyển cửa khẩu vẫn duy trì theo mức thu của năm 2016.
Trả lời báo chí sau đó, lãnh đạo Hải Phòng cho biết mức thu này là hợp lý, đã cân nhắc, tính toán kỹ, và sẽ giúp ngân sách thành phố có thêm 2.000 tỷ đồng mỗi năm để tái đầu tư xây dựng các công trình hạ tầng phục vụ chính doanh nghiệp tại thành phố.
Tuy nhiên, mức phí và việc bổ sung đối tượng thu phí hạ tầng cảng biển của Hải Phòng đã vấp phải phản đối từ doanh nghiệp, nhiều cơ quan chức năng cũng không ủng hộ, hỗ trợ việc thu phí này.
Chẳng hạn như Tổng Cục Hải quan đã yêu cầu Cục Hải quan Hải Phòng chỉ đạo Hải quan cửa khẩu không được yêu cầu chủ hàng xuất trình giấy tờ nộp phí hạ tầng cảng biển khi làm thủ tục hải quan cho hàng hóa. Đồng thời hải quan các cửa khẩu cũng không được tổ chức "thu hộ" phí hạ tầng cảng biển cho Hải Phòng.
Đồng thời, VCCI, UBND tỉnh Ninh Bình… cũng có văn bản gửi Chính phủ, UBND thành phố Hải Phòng đề nghị xem xét lại việc thu phí hạ tầng cảng biển này để đảm bảo quyền lợi, tránh thiệt hại cho doanh nghiệp.