Ban Quản lý là cơ quan thuộc UBND Thành phố Hồ Chí Minh, có chức năng giúp UBND Thành phố tổ chức thực thi pháp luật về an toàn, vệ sinh thực phẩm trên địa bàn Thành phố. Ban Quản lý có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng; có trụ sở làm việc tại Thành phố Hồ Chí Minh.
Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban. Ban Quản lý có các phòng chuyên môn, nghiệp vụ, Văn phòng, Thanh tra, đơn vị sự nghiệp công lập. Biên chế công chức của Ban Quản lý được tính trong tổng số biên chế công chức của UBND Thành phố Hồ Chí Minh.
Thủ tướng giao UBND Thành phố Hồ Chí Minh quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý.
Trước đó, hồi tháng 3, sau buổi làm việc giữa Bí thư Thành ủy TP HCM Đinh La Thăng, Chủ tịch UBND TP HCM Nguyễn Thành Phong và lãnh đạo Sở Y tế, ý tưởng thành lập cơ quan chuyên trách ngăn chặn, kiểm tra thực phẩm bẩn, đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm cho người dân thành phố được đưa ra.
Tại cuộc họp cuối cùng của Chính phủ nhiệm kỳ 2011-2016, Bí thư Thăng cũng đề nghị Chính phủ cho thành phố lập cơ quan chuyên trách lo về an toàn vệ sinh thực phẩm.