Qua thanh tra, Thanh tra Bộ GTVT đã kiến nghị xử lý đối với một số dự án được đầu tư theo hình thức đối tác công tư (hợp đồng BOT). Xử lý kinh tế tổng số hơn 3.746 tỷ đồng, trong đó giảm trừ giá trị dự án so với giá trị hợp đồng BOT đã ký kết là gần 2.440 tỷ đồng; Tăng doanh thu, giảm trừ chi phí trong phương án tài chính hơn 1.277 tỷ đồng; Thu hồi nộp NSNN 14,513 tỷ đồng (qua tài khoản tạm giữ của Thanh tra Bộ 13,356 tỷ đồng, thu hồi về tài khoản Ban QLDA HCM 1,157 tỷ đồng); Yêu cầu tiếp tục rà soát lại để quyết toán 14,965 tỷ đồng.
Đồng thời, yêu cầu tạm đình chỉ hoạt động 1 Trung tâm sát hạch lái xe; tạm đình chỉ nhiệm vụ sát hạch đối với 1 sát hạch viên; Thu hồi phù hiệu của 38 xe kinh doanh vận tải; kiến nghị cơ quan có thẩm quyền cảnh cáo 3 trung tâm đăng kiểm; đình chỉ hoạt động kiểm định đối với 8 đăng kiểm viên và xem xét xử lý trách nhiệm theo quy định đối với 2 đăng kiểm viên; giao Thanh tra Sở GTVT xử phạt vi phạm hành chính 640 triệu đồng.
Thanh tra Bộ GTVT đã kiến nghị cơ quan có thẩm quyền kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với tổ chức, cá nhân để xảy ra sai sót, tồn tại trong thực hiện việc quản lý bảo trì đường thủy nội địa và trong quản lý, giám sát, thực hiện các dự án nạo vét kết hợp tận thu sản phẩm; xử lý tài chính gần 5,67 tỷ đồng; Thanh tra nạo vét, duy tu tuyến luồng Hàng hải đã kiến nghị xử lý tài chính 6,8 tỷ đồng.
Ngoài việc yêu cầu xử lý về tài chính, Thanh tra Bộ GTVT kiến nghị xử lý nhiều biện pháp về hành chính theo đúng quy định đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan để xảy ra các tồn tại được phát hiện qua kết quả thanh tra.
