Theo đó, Kiểm toán Nhà nước cho biết, qua kiểm toán để xác định lại giá trị hợp đồng BT của 3 dự án BT tại Hà Nội cho thấy, giá trị thực hiện của 3 dự án chỉ là 1.727,3 tỷ đồng, bằng 39% giá trị hợp đồng BT ban đầu (1.727,3 tỷ đồng/4.421,1 tỷ đồng).
Bên cạnh đó, việc giải ngân nguồn vốn ngân sách cho 3 dự án không đúng quy định của Chính phủ 38,5 tỷ đồng, giải ngân từ nguồn vốn vay Quỹ hỗ trợ phát triển thành phố cho công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng và tái định cư với tổng nợ gốc và lãi ngân sách nhà nước phải trả 1.591,9 tỷ đồng không đúng quy định tại nghị định số 99/2003/NĐ-CP.
Cũng tại Hà Nội, qua kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước cho biết chỉ có 1/12 dự án BT trong giai đoạn từ năm 2013 đến năm 2017 là thực hiện đấu thầu. 11 dự án còn lại là chỉ định thầu, do đó đã giảm tính cạnh tranh trong thực hiện dự án.
Mặt khác, cũng theo Kiểm toán Nhà nước, cơ chế giao đất ở dự án đối ứng của dự án BT thực hiện chưa có sự thống nhất. Trong triển khai, các dự án còn nhiều thay đổi về quy hoạch chi tiết. Đồng thời giá đất cũng không sát với giá thị trường, việc giao các khu đất đối trừ cũng là giao chỉ định, trái Luật Đất đai... Đặc biệt là tiềm ẩn nguy cơ lãng phí nguồn ngân sách nhà nước .