Sau khi ra quyết định khởi tố, Cục Điều tra chống buôn lậu đã chuyển hồ sơ vụ án sang cơ quan Cảnh sát Điều tra (C46) - Bộ Công an để xử lý.
Vụ việc bắt đầu từ khi căn cứ trên báo cáo của Tổng cục Hải quan, cuối tháng 11/2016, Bộ Tài chính đã yêu cầu thực hiện các biện pháp việc ngăn chặn buôn lậu, gian lận thương mại đối với hoạt động nhập khẩu ôtô.
Trong đó, Bộ Tài chính yêu cầu làm rõ ba sai phạm lớn của Euro Auto. Cụ thể là làm rõ hành vi tự ý tiêu thụ ô tô nhập khẩu hiệu BMW khi chưa được cơ quan Hải quan cho thông quan, cố ý không cung cấp Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) và các hồ sơ, chứng từ, tài liệu của ô tô BMW do Euro Auto nhập khẩu, và cuối cùng là Euro Auto có dấu hiệu gian lận, lừa dối, như sử dụng tài liệu giả gồm hợp đồng mua bán, hóa đơn thương mại... để nhập khẩu ô tô BMW.
Để là rõ các hành vi này, Bộ Tài chính yêu làm việc cụ thể với Viện Kiểm sát nhân dân tối cao để xem xét khởi tố vụ án đối với những hành vi sai phạm của Euro Auto theo quy định.
Trong quá trình làm rõ vụ việc này, Tổng cục Hải quan đã tạm đình chỉ công tác đối với ông Dương Phú Đông, Cục trưởng Cục kiểm tra sau thông quan.
Trong một diễn biến khác, Euro Auto cũng đồng thời gửi đơn tới các cơ quan chức năng và Thủ tướng Chính phủ, thanh minh rằng doanh nghiệp này không buôn lậu, cơ quan Hải quan cũng không yêu cầu doanh nghiệp phải xuất trình giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu.
Doanh nghiệp này cũng xuất trình xác nhận của hãng BMW về những nội dung trên. Từ đây Euro Auto đề nghị cho phép doanh nghiệp này được tiếp tục giải phóng các lô hàng đang bị phong tỏa tại cửa khẩu nhập khẩu.