Liên quan đến việc người dân chặn cầu Bến Thủy phản đối trạm thu phí, tháng 12/2016, Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình đã chỉ đạo các bộ, ngành liên quan xem xét, giải quyết vụ việc này.
Tiếp đến, ngày 21/2/2017, Phó Thủ tướng lại yêu cầu Bộ Giao thông vận tải tiếp tục phối hợp với các Nhà đầu tư Dự án và UBND các địa phương có liên quan giải quyết thỏa đáng quyền và lợi ích của người dân có hộ khẩu thường trú tại các khu vực lân cận trạm thu phí Bến Thủy và Bến Thủy 2, không để tái diễn tình trạng người dân tụ tập gây mất an ninh, trật tự, an toàn giao thông trên địa bàn.
Phó Thủ tướng cũng yêu cầu Bộ Giao thông vận tải làm rõ việc người dân không tham gia giao thông trên các tuyến đường BOT nhưng vẫn phải trả phí cho Nhà đầu tư, báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Trước đó, từ ngày 3/12/2016 đến ngày 12/12/2016, hàng trăm người dân Nghi Xuân, Hà Tĩnh đã dùng ô tô, mang băng rôn đến chặn cầu Bến Thủy phản đối việc thu phí, yêu cầu dỡ bỏ trạm thu phí Bến Thủy 1, yêu cầu các cơ quan chức năng xem xét lại việc đặt trạm thu phí cầu Bến Thủy 1 của Tổng công ty xây dựng công trình giao thông 4 (Cienco 4) quản lý.
Nhân dân ở đây cho rằng, việc đặt trạm thu phí BOT cầu Bến Thủy 1 là không hợp lý vì người dân ở huyện Nghi Xuân và một số vùng ở Hà Tĩnh không sử dụng các hạng mục được đầu tư từ nguồn vốn BOT. Tuy nhiên, khi đi qua cầu Bến Thủy 1, người dân vẫn phải đóng phí để thu hồi nguồn vốn này.