Theo đó, có 15 nhà thầu đã nộp tổng số tiền hơn 4,8 tỷ đồng cho các cán bộ của Cục Đường thủy nội địa. Hai người nhận tiền đã được làm rõ là ông Phạm Văn Thông - nguyên Giám đốc Ban QLDA đường thủy nội địa và ông Nguyễn Long - Trưởng phòng Tài chính của Cục.
Trong đó, có 10 nhà thầu không ký tên khi đưa tiền, có 5 nhà thầu đưa tiền và ký tên. Cụ thể, Công ty tư vấn Giao thông công chính Hải Phòng nộp hơn 628 triệu đồng, Công ty Cổ phần tư vấn xây dựng công trình thủy (Hải Phòng) nộp 321 triệu đồng, Công ty tư vấn 89 nộp 330 triệu đồng, Công ty HCC, Công ty ALPHA tạm nộp 100 triệu đồng…
Hiện đã làm rõ ông Phạm Văn Thông nhận của 5 nhà thầu hơn 1,5 tỷ đồng, ông Nguyễn Long nhận 100 triệu đồng của 2 nhà thầu. Tuy nhiên ông Long phủ nhận đã nhận tiền của hai nhà thầu này vì trong giấy đưa tiền không có chữ ký ông Long.
Đáng chú ý, có 14/15 nhà thầu phủ nhận đã bàn bạc với ông Thông về trích tỷ lệ 6%, 10%, 15% đến 20% về Cục Đường thủy nội địa, không nghe ai chỉ đạo nộp tiền, không nộp tiền cho ông Thông, không thừa nhận chữ ký nộp tiền là của mình.
Nhưng, những người nhận tiền đã xác nhận có nhận tiền từ doanh nghiệp và ghi sổ, sau đó dùng tiền đó chi cho các cá nhân trong Cục Đường thủy nội địa và chi vào các hoạt động của Cục như tổ chức hội nghị, hội thao, chi tiền ăn cho cán bộ, công chức và người lao động...
Cơ quan Thanh tra cho biết, việc chi tiền vào các nội dung khai báo này là được phê duyệt của lãnh đạo Cục Đường thủy nội địa. Cơ quan Thanh tra đang tiếp tục xem xét vấn đề các lãnh đạo Cục Đường thủy nội địa ký phê duyệt các khoản chi (từ ông Thông) có lưu ý là chi theo quy định, không ghi cụ thể kính chuyển Ban QLDA đường thủy nội địa.
Thanh tra Bộ GTVT đã xác định được 9 cá nhân là chuyên viên, Trưởng các phòng nghiệp vụ thuộc Cục đã đề xuất chi và sau đó lấy tiền từ ông Phạm Văn Thông để chi chung cho các hoạt động của Cục Đường thủy nội địa tổng cộng hơn 406 triệu đồng.
Căn cứ trên nội dung vụ việc, Bộ GTVT quyết định Giao Vụ Tổ chức cán bộ tham mưu Bộ trưởng, nhanh chóng tổ chức kiểm điểm nghiêm khắc trách nhiệm của các cán bộ thuộc diện Bộ trưởng bổ nhiệm.
Theo đó, ông Hoàng Hồng Giang - Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa phải chịu trách nhiệm với tư cách là người đứng đầu Cục về các sai phạm của các cá nhân trực thuộc.
Ông Trần Đức Hải - Phó Cục trưởng Cục Đường thủy nội địa có sai sót trong công tác theo dõi, quản lý chỉ đạo đối với Ban QLDA đường thủy nội địa.
Ông Trần Văn Thọ - nguyên Phó Cục trưởng, nay là Thành viên HĐTV Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) có sai sót trong việc ký duyệt, để cá nhân lấy tiền từ ông Phạm Văn Thông.
Cục Đường thủy nội địa căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ và theo phân cấp, tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của các cá nhân đã nêu trên. Nộp số tiền hơn 406 triệu đồng sai phạm vào ngân sách Nhà nước thông qua tài khoản tạm giữ của Thanh tra Bộ GTVT.
Ngoài thu hồi số tiền trên, Bộ GTVT giao Thanh tra Bộ thu hồi số tiền gần 4,4 tỷ đồng ông Phạm Văn Thông thu của các nhà thầu
Bộ GTVT chỉ đạo chuyển hồ sơ vụ việc sang Cơ quan điều tra - Bộ Công an, kể cả 2 tài liệu có dấu hiệu ngụy tạo chứng cứ khi Cơ quan điều tra - Bộ Công an có yêu cầu.