Theo đó, Bộ trưởng Bộ Y tế, Phó trưởng Ban Thường trực Ban Chỉ đạo Quốc gia phòng chống dịch Covid-19 Nguyễn Thanh Long làm Trưởng ban; Phó trưởng Ban Thường trực Ban Chỉ đạo là Thứ trưởng Bộ Quốc phòng Vũ Hải Sản.
Ban Chỉ đạo Chiến dịch tiêm chủng vắc xin phòng Covid-19 toàn quốc còn có 9 Phó trưởng ban, gồm có các Thứ trưởng Bộ Y tế: Nguyễn Trường Sơn, Trương Quốc Cường, Đỗ Xuân Tuyên, Trần Văn Thuấn; Thứ trưởng Bộ Công an Nguyễn Văn Sơn; Thứ trưởng Bộ TT&TT Nguyễn Huy Dũng; Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Lê Anh Tuấn; Phó Tổng tham mưu trưởng Quân đội Nhân dân Việt Nam Phùng Sĩ Tấn; và Chủ nhiệm Tổng cục Hậu cần, Bộ Quốc phòng Trần Duy Giang.
Theo Quyết định 3043, Bộ Y tế thành lập Văn phòng thường trực và 5 Tiểu ban thuộc Ban Chỉ đạo gồm: Tiểu ban Tiếp nhận, vận chuyển, bảo quản vắc xin; Tiểu ban Tiêm chủng; Tiểu ban An toàn tiêm chủng; Tiểu ban Giám sát chất lượng vắc xin; Tiểu ban Ứng dụng CNTT quản lý tiêm chủng vắc xin phòng Covid-19 và truyền thông.
Trong đó, Tiểu ban Ứng dụng CNTT quản lý tiêm chủng vắc xin phòng Covid-19 và truyền thông có Thứ trưởng Bộ Y tế Trần Văn Thuấn làm Trưởng Tiểu ban và Thứ trưởng Bộ TT&TT Nguyễn Huy Dũng là đồng Trưởng Tiểu ban.
Tiểu ban Ứng dụng CNTT quản lý tiêm chủng vắc xin phòng Covid-19 và truyền thông có nhiệm vụ: Phối hợp với các Tiểu ban để chỉ đạo việc xây dựng ứng dụng CNTT quản lý toàn bộ chiến dịch tiêm chủng vắc xin phòng Covid-19 từ khâu tiếp nhận, vận chuyển, bảo quản, phân bổ đến khi tiêm chủng. Đồng thời chỉ đạo việc ứng dụng CNTT, sử dụng hồ sơ sức khỏe cá nhân cho tiêm chủng, xây dựng hệ thống chứng nhận tiêm chủng; Phối hợp với Tiểu ban Tiêm chủng chỉ đạo tổng hợp dữ liệu về nhu cầu, số lượng, tiến độ tiêm vắc xin phòng Covid-19 cho các điểm tiêm chủng và công khai trên bản đồ số hóa chiến dịch tiêm chủng; Chỉ đạo công tác truyền thông chiến dịch tiêm chủng vắc xin phòng Covid-19 toàn quốc, chỉ đạo tổ chức đào tạo, tập huấn và theo dõi, giám sát việc tổ chức thực hiện nhiệm vụ.