Bộ cũng đang chỉ đạo khẩn trương việc hướng dẫn qua mạng điện tử toàn quốc đối với các thủ tục kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật, kiểm tra vệ sinh thú y, kiểm dịch thực vật, quản lý vật tư nông nghiệp và an toàn thực phẩm… tích hợp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia.
9 thủ tục hành chính được Bộ NNPTNT kết nối với Cổng thông tin một cửa quốc gia gồm: Đăng ký kiểm tra xác nhận chất lượng thức ăn chăn nuôi nhập khẩu (Cục Chăn nuôi); cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa (Trạm Kiểm dịch thực vật Nội Bài); cấp giấy chứng nhận kiểm dịch sản phẩm động vật nhập khẩu (Cơ quan Thú y vùng II Hải Phòng); cấp phép nhập khẩu giống cây trồng nông nghiệp;
Cấp phép nhập khẩu phân bón (Cục Trồng trọt); cấp chứng thư cho lô hàng thủy sản xuất khẩu sản xuất tại cơ sở trong danh sách ưu tiên; kiểm tra, cấp chứng thư cho lô hàng thủy sản xuất khẩu sản xuất tại cơ sở ngoài danh sách ưu tiên (Trung tâm vùng 4, 5, 6); đăng ký kiểm tra xác nhận chất lượng thức ăn thủy sản nhập khẩu (Trung tâm Kiểm định, khảo nghiệm, kiểm nghiệm); cấp giấy phép Cites (Cơ quan Cites Việt Nam).
Bộ NNPTNT đánh giá, thực hiện cơ chế một cửa quốc gia tại Bộ NNPTNT và các đơn vị trong thời gian qua đã thực sự tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp như: đơn giản hóa hồ sơ TTHC, tiết kiệm chi phí, giảm thời gian thông quan hàng hóa…, góp phần tăng năng lực cạnh tranh cho các doanh nghiệp theo tinh thần Nghị quyết 19/NQ-CP của Chính phủ.
Đến nay, một số đơn vị thực hiện TTHC thí điểm như: Cục Chăn nuôi, Trung tâm 3K (Tổng cục Thủy sản), Trạm Kiểm dịch thực vật Nội Bài (Cục Bảo vệ thực vật), Cơ quan Thú y vùng II Hải Phòng (Cục Thú y) đã cơ bản không tiếp nhận việc xử lý, giải quyết hồ sơ giấy.
Tính đến ngày 31/8, Cổng thông tin một cửa quốc gia tiếp nhận tổng số 25.531 hồ sơ; đã xử lý, giải quyết và cấp phép/giấy chứng nhận điện tử 19.777 hồ sơ; đang tiếp tục xử lý 5.754 hồ sơ, thực hiện tại các đơn vị của Bộ.
Hiện nay, Bộ NNPTNT đã có 18 dịch vụ công trực tuyến mức độ 3 và 4 tại 5 đơn vị thuộc Bộ (Cục Bảo vệ thực vật 5 TTHC, Cục Chăn nuôi 3 TTHC, Cục Trồng trọt 5 TTHC, Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản 2 TTHC, Tổng cục Thủy sản 3 TTHC).
