Ngày 15/02/2017, Văn phòng Chính phủ đã nhận được đề nghị của một số doanh nghiệp kinh doanh vận tải kiến nghị việc điều chỉnh quy hoạch luồng tuyến giao thông tại bến xe Nước Ngầm, Hà Nội.
Về việc này Thủ tướng giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với UBND thành phố Hà Nội và các cơ quan liên quan tổ chức họp với các doanh nghiệp hoạt động vận tải tại bến xe Nước Ngầm, thành phố Hà Nội xem xét, xử lý việc điều chỉnh Quy hoạch luồng tuyến giao thông trên địa bàn, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 10/3/2017.
Trước đó, Sở GTVT Hà Nội đã ban hành kế hoạch phân luồng tuyến giao thông theo đó, từ 2/1/2017 các tuyến xe ở bến trung tâm và ngoại thành sẽ được luân chuyển để tránh ùn tắc. Sở điều chỉnh 691 nốt với 20.396 chuyến/tháng (trung bình 680 chuyến/ngày), tập trung chủ yếu vào 3 bến xe lớn: Mỹ Đình, Giáp Bát, Nước Ngầm.
Các tuyến xe đi Đăk Lăk, Gia Lai, Hà Tĩnh, Nam Định, Nghệ An, Thái Bình, Thanh Hóa, Ninh Bình đang hoạt động tại bến xe Mỹ Đình, Gia Lâm, Yên Nghĩa, Sơn Tây, Trôi, Phùng sẽ chuyển về bến Nước Ngầm. Các tuyến xe đi Bắc Giang, Lạng Sơn đang hoạt động tại bến Yên Nghĩa, Nước Ngầm, Sơn Tây, chuyển về bến xe Gia Lâm.
Sở Giao thông lý giải, việc điều chuyển nhằm tránh các tuyến xe khách đi vào nội đô, tránh hoạt động chồng chéo. Đặc biệt, việc điều chuyển các tuyến xe phù hợp với cung đường, tránh xung đột giao thông và để xe khách của các tỉnh đến từ phía Bắc, Nam, Đông, Tây sẽ đến đón trả khách tại các bến xe nằm ở phía tương ứng của Hà Nội.
Tuy nhiên, kế hoạch này đã bị nhiều doanh nghiệp kinh doanh vận tải trên địa bàn thành phố Hà Nội phản ứng dữ dội dẫn đến việc nhiều nhà xe bỏ chuyến không chở khách vào ngày 30/12/2016. Nhiều nhà xe còn muốn đối thoại với Chủ tịch UBND TP. Hà Nội về việc này.