Bộ GD&ĐT đã thành lập các đoàn kiểm tra về tuyển sinh và đào tạo của các cơ sở giáo dục ĐH, cao đẳng sư phạm (SP), trung cấp SP, các viện nghiên cứu có đào tạo trình độ thạc sĩ, tiến sĩ, trong đó có việc kiểm tra các hoạt động liên kết và đào tạo, đồng thời, yêu cầu báo cáo việc liên kết đào tạo và đào tạo ngoài trụ sở chính.
Qua rà soát, Bộ GD&ĐT đã phát hiện nhiều đơn vị thực hiện liên kết đào tạo khi chưa được phép của cơ quan có thẩm quyền.
Các trường có nhiều lớp liên kết đào tạo nhưng không có văn bản cho phép của Bộ GD&ĐT gồm: Trường ĐH Tây Nguyên (11 lớp), Trường ĐH Đà Lạt (12 lớp, đã bị xử phạt), Trường ĐH Quy Nhơn (43 lớp), Trường ĐH Nông Lâm Bắc Giang (8 lớp), Trường ĐH Luật Hà Nội (33 lớp), Trường ĐH Kiến trúc Hà Nội (5 lớp), Học viện Âm nhạc Huế (7 lớp), Trường ĐH Y tế Công cộng (6 lớp), Trường ĐH Nội vụ (15 lớp), Học viện Báo chí Tuyên truyền (22 lớp), Học viện Hành chính quốc gia (16 lớp), Học viện Ngân hàng (24 lớp), Trường ĐH Văn hóa, Thể thao và Du lịch Thanh Hóa (9 lớp), Trường ĐH Quảng Bình (17 ngành), Trường ĐH Kiên Giang (4 lớp)...
Ngoài ra, còn rất nhiều trường báo cáo có các lớp đào tạo trình độ thạc sĩ ngoài trụ sở chính, nhưng chưa có văn bản cho phép của cơ quan có thẩm quyền; liên kết đào tạo với các đơn vị không đúng đối tượng liên kết.
Để khắc phục tình trạng vi phạm trên, Bộ GD&ĐT cho biết hiện đang dự thảo văn bản gửi các ĐH, học viện, trường ĐH để chấn chỉnh công tác đào tạo liên thông, liên kết, văn bằng 2. Nội dung yêu cầu các cơ sở đào tạo ĐH rà soát toàn bộ công tác tuyển sinh và đào tạo liên thông, văn bằng 2, liên kết đào tạo; đảm bảo thực hiện đúng quy định của pháp luật.