Tại kỳ họp thứ 41 diễn ra ngày 6 và 7/5, Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận Ban cán sự đảng UBND TP.HCM đã vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ, quy chế làm việc; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo để UBND TP và nhiều tổ chức, cá nhân vi phạm nghiêm trọng các quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong quản lý, sử dụng đất, tài chính, tài sản, đầu tư, quy hoạch, xây dựng ở các dự án do Công ty Cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát và ở các gói thầu, dự án do Công ty Cổ phần Tiến bộ Quốc tế (AIC) thực hiện; nhiều tổ chức đảng, đảng viên bị xử lý kỷ luật, nhiều cán bộ, đảng viên bị xử lý hình sự.
Những vi phạm nêu trên đã gây hậu quả rất nghiêm trọng, nguy cơ thất thoát, lãng phí rất lớn tiền, tài sản của Nhà nước và nguồn lực xã hội, gây dư luận xấu, ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức đảng và chính quyền TP, đến mức phải xem xét, xử lý kỷ luật.
Trách nhiệm chính đối với những vi phạm, khuyết điểm nêu trên thuộc về Ban Thường vụ Thành uỷ nhiệm kỳ 2010-2015; Ban cán sự đảng UBND Thành phố các nhiệm kỳ 2011-2016, 2016-2021 và các ông Lê Thanh Hải, nguyên Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành ủy, nguyên Bí thư Ban cán sự đảng, Chủ tịch UBND Thành phố; các ông Lê Hoàng Quân, Nguyễn Thành Phong, nguyên Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Phó Bí thư Thành ủy, Bí thư Ban cán sự đảng, Chủ tịch UBND Thành phố và một số tổ chức đảng, đảng viên khác.
Xét nội dung, tính chất, mức độ, hậu quả, nguyên nhân vi phạm; căn cứ quy định của Đảng, UBKT Trung ương quyết định thi hành kỷ luật cảnh cáo: Ban cán sự đảng UBND TP.HCM các nhiệm kỳ 2011-2016, 2016-2021; Đảng ủy các Sở: Tài chính, Kế hoạch và Đầu tư nhiệm kỳ 2015-2020; Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường nhiệm kỳ 2010-2015.
UBKT Trung ương khiển trách: Đảng ủy các Sở: Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường nhiệm kỳ 2015-2020 và ông Nguyễn Toàn Thắng, Thành ủy viên, Bí thư Đảng ủy, Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường.
Ngoài ra, UBKT Trung ương đề nghị cấp có thẩm quyền xem xét, thi hành kỷ luật Ban Thường vụ Thành uỷ TP.HCM nhiệm kỳ 2010-2015 và các ông Lê Thanh Hải, Lê Hoàng Quân, Nguyễn Thành Phong.