Trong quá trình vận hành hệ thống thu phí điện tử không dừng, vẫn xảy ra tình trạng ở một số trạm thu phí phát sinh các lỗi kỹ thuật liên quan đến nhận diện thẻ đầu cuối trên phương tiện, dẫn đến bức xúc cho chủ phương tiện.
Bên cạnh đó, còn thường xuyên xảy ra trường hợp phương tiện chưa dán thẻ, hoặc đã dán thẻ nhưng không đủ điều kiện đi vào làn thu phí điện tử không dừng, gây ùn tắc giao thông ở một số trạm thu phí có lưu lượng phương tiện qua lại cao.
Để khắc phục tình trạng trên, Tổng Cục Đường bộ Việt Nam đã chỉ đạo các nhà đầu tư BOT, các nhà cung cấp dịch vụ thu phí rà soát, khắc phục triệt để các lỗi phát sinh của hệ thống thu phí điện tử không dừng, bảo đảm hệ thống vận hành đồng bộ tất cả các trạm thu phí trên toàn quốc, hạn chế tối đa các lỗi phát sinh của hệ thống, đồng thời, đẩy mạnh công tác dán thẻ; tăng cường tuyên truyền, khuyến khích người dân dán thẻ tham gia dịch vụ thu phí điện tử không dừng, để phát huy hiệu quả của dự án.
Đối với các tuyến cao tốc, thời gian tổ chức vận hành thu phí điện tử không dừng đã được 1 tháng, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đề nghị Cục Cảnh sát giao thông (Bộ Công an) bắt đầu thực hiện xử phạt vi phạm hành chính với các phương tiện chưa dán thẻ, hoặc đã dán thẻ nhưng không đủ điều kiện đi vào làn thu phí điện tử không dừng.
