Tính đến thời điểm này, Tổng cục Thuế đã tiếp nhận 13.962 hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Số hồ sơ tiếp nhận năm 2015 chuyển sang là 2.515 hồ sơ đang trong quá trình giải quyết. Như vậy, tổng số có khoảng hơn 16.000 hồ sơ.
Tổng số hồ sơ không thuộc diện được hoàn trong số hồ sơ tiếp nhận là 1.821 hồ sơ với số tiền không đủ điều kiện hoàn thuế là 12.275 tỷ đồng (chiếm 14,2% số thuế đề nghị hoàn của doanh nghiệp
Theo Thông tư 99/2016/TT-BTC của Bộ Chính trị về việc bổ sung trách nhiệm của cơ quan thuế trong giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế, ngành thuế phải xây dựng cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin để thực hiện hoàn thuế điện tử.
Đồng thời, áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế giá trị gia tăng, hỗ trợ người nộp thuế tra cứu thông tin về tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.
Bộ Tài Chính cũng chỉ đạo ngành thuế quản lý dự toán tập trung, Tổng cục Thuế và Kho bạc Nhà nước liên kết bằng hệ thống điện tử. Theo đó, hằng ngày, cơ quan này nắm rõ toàn bộ tiến độ giải quyết hồ sơ, chi hoàn thuế của từng địa phương, so sánh phần dự toán được Quốc hội giao và phần dự toán còn lại để điều hành hợp lý.
Được biết, trong thời gian qua, một số địa phương xảy ra tình trạng nơi thừa, nơi thiếu trong chi hoàn thuế giá trị gia tăng.
Tổng cục Thuế cho rằng xảy ra tình trạng trên là do trước kia có quy định dự toán hoàn thuế sẽ phân bổ cho từng địa phương và sẽ chi trong hạn mức phân bổ đó. Việc phân bổ này được quy định chặt chẽ theo Luật Ngân sách.
Tuy nhiên, Tổng cục Thuế đã có phương án trình Bộ Tài chính để điều hòa dự toán. Tức là, rút dự toán về, sau đó phân bổ lại. Cách làm này mất nhiều thời gian trong việc giải quyết thủ tục hành chính cũng như các vấn đề liên quan tới toàn bộ hệ thống.
Đến thời điểm này, ngành thuế chưa nhận được phản ánh từ Kho bạc Nhà nước và các địa phương về tình trạng vướng mắc liên quan đến điều hành quỹ hoàn thuế theo phương án mới.
