Bên cạnh Trưởng Ban chỉ đạo là Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam và Phó trưởng Ban chỉ đạo là Bộ trưởng Bộ KH&CN, Ban chỉ đạo các Chương trình KH&CN quốc gia còn có các Ủy viên gồm đại diện lãnh đạo các bộ, cơ quan: Bộ KH&CN, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Y tế, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Bộ Công Thương, Bộ Quốc phòng, Văn phòng Chính phủ.
Trưởng Ban chỉ đạo sẽ chịu trách nhiệm phê duyệt danh sách thành viên Ban chỉ đạo theo văn bản cử người của các bộ, cơ quan.
Cũng theo Quyết định này, Ban chỉ đạo các Chương trình KH&CN quốc gia có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều phối hoạt động giữa các Bộ, ngành, địa phương và các cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc triển khai thực hiện các nội dung nhiệm vụ của Chương trình phát triển sản phẩm quốc gia đến năm 2020, Chương trình quốc gia phát triển công nghệ cao đến năm 2020 và Chương trình đổi mới công nghệ quốc gia đến năm 2020.
Bên cạnh đó, Ban chỉ đạo còn có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ về phương hướng, cơ chế, chính sách và các giải pháp để thực hiện các Chương trình cho từng thời kỳ, từng giai đoạn; đồng thời giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các Bộ, ngành, địa phương rà soát xây dựng các cơ chế chính sách và giải pháp về tài chính, thuế, thị trường, đầu tư, đào tạo nguồn nhân lực và các cơ chế chính sách khác cho các Chương trình.
Quy chế hoạt động của Ban chỉ đạo các Chương trình KH&CN quốc gia sẽ do Trưởng Ban chỉ đạo ban hành. Trưởng Ban chỉ đạo cũng sẽ phân công nhiệm vụ cụ thể cho các thành viên Ban chỉ đạo.
