Theo Tổng cục Thuế, thời gian gần đây, một số tổ chức, cá nhân lợi dụng chính sách thông thoáng của Nhà nước để thành lập doanh nghiệp hoặc mua bán doanh nghiệp chỉ để phát hành và mua bán hóa đơn bất hợp pháp.
Đối phó với thực tế này, Tổng cục Thuế đã nhiều lần trực tiếp kiểm tra hoặc nhắc nhở các địa phương kiểm tra các doanh nghiệp có dấu hiệu hoặc thực sự sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, nhưng việc triển khai ở các địa phương còn mang tính hình thức, chưa hiệu quả.
Theo yêu cầu của Tổng cục Thuế, các cục thuế địa phương phải nhận dạng được các doanh nghiệp có khả năng in, phát hành, mua bán, sử dụng hóa đơn bất hợp pháp. Với những dấu hiệu nhận biết chủ yếu như sau: đó là các doanh nghiệp mới thành lập nhưng các cổ đông không đóng góp vốn điều lệ theo quy định, đăng ký kinh doanh nhiều ngành nghề, chủ doanh nghiệp đăng ký kinh doanh tại địa phương khác nơi đăng ký hộ khẩu thường trú.
Một trong những dấu hiệu cần chú ý khác là các doanh nghiệp có biểu hiện này có doanh thu lớn, nhưng hàng hóa không có kho hàng hóa, xưởng sản xuất, hoặc không có lao động....
NGoài ra, dấu dấu hiệu nữa là các doanh nghiệp xin ngừng, bỏ kinh doanh, tạm ngừng, có công văn giải thể sau đó xin hoạt động trở lại, thay đổi người đại diện trước pháp luật, thay đổi trụ sở kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan quản lý thuế...
Đối với các doanh nghiệp này, cục thuế các địa phương phải nhận diện cả về số lượng hóa đơn sử dụng trong kỳ tăng đột biến so với bình quân các kỳ trước, hay thời gian hoạt động của doanh nghiệp dưới 12 tháng nhưng sử dụng hóa đơn với số lượng lớn (từ 500 đến 2.000 số hóa đơn), số lượng hóa đơn xóa bỏ lớn, bình quân chiếm khoảng 20% số hóa đơn đã sử dụng,…
Các cục thuế địa phương phải thành lập tổ công tác chuyên tiến hành rà soát và đưa ra danh sách cảnh báo doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro gian lận về hóa đơn thuế. Ngay trong tháng 10/2016, mỗi cục thuế phải phân tích, lựa chọn tối thiểu 20 doanh nghiệp có rủi ro cao về in, phát hành, mua bán và sử dụng hóa đơn bất hợp pháp để tổ chức kiểm tra.