Trước mắt, theo Bộ Quốc phòng, sân bay Gia Lâm chỉ sử dụng cho các hoạt động bay dịch vụ thăm dò dầu khí, du lịch và các hoạt động bay huấn luyện, vận tải quân sự. Sau này, sẽ nghiên cứu di chuyển hoạt động đến sân bay khác để dành quỹ đất, không gian phát triển KT -XH của Thủ đô Hà Nội.
Trước đó, năm 2006, Bộ GTVT đã quy hoạch cảng hàng không Gia Lâm đạt tiêu chuẩn cấp 3C của ICAO, đảm bảo phục vụ khai thác các đường bay ngắn trong khu vực phía Bắc như Hà Nội – Điện Biên, Hà Nội – Nà Sản, Hà Nội – Đồng Hới, Hà Nội – Vinh bằng máy bay ATR72, F70.
Tuy nhiên, đầu năm 2016 Cục Hàng không Việt Nam đã có kiến nghị chuyển cảng hàng không Gia Lâm thành sân bay chuyên dùng và không quy hoạch có hoạt động bay dân dụng thường lệ tại sân bay này trong giai đoạn đến năm 2020, định hướng đến năm 2030.
