Theo kết quả tổng hợp, tại các Bộ, 45,6% số dịch vụ công trực tuyến mức độ 3 và 92,8% số dịch vụ công trực tuyến mức độ 4 có phát sinh hồ sơ trực tuyến; tương ứng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương là 81,67% và 22,63%.
Tại các Bộ, ngành, địa phương, một số dịch vụ công trực tuyến mức độ 3, mức độ 4 đã đem lại hiệu quả cao. Tuy nhiên, bên cạnh kết quả tích cực, việc triển khai cung cấp dịch vụ công trực tuyến còn một số hạn chế nhất định, điển hình như số dịch vụ công trực tuyến triển khai nhưng chưa phát sinh hồ sơ trực tuyến, một số địa phương báo cáo đã cung cấp số lượng lớn dịch vụ công trực tuyến mức độ 3, mức độ 4 nhưng chưa báo cáo số hồ sơ trực tuyến phát sinh.
Bên cạnh đó, công tác triển khai pháp luật về công nghệ thông tin, giao dịch điện tử gắn kết với cải cách hành chính trong những năm qua cũng bộc lộ một số hạn chế, khó khăn nhất định.
Theo tiến sỹ Nguyễn Thành Phúc, Cục Tin học hóa (Bộ Thông tin và Truyền thông), khó khăn lớn nhất mà nhiều Bộ, ngành, địa phương phản ánh trong quá trình triển khai và ứng dụng công nghệ, giao dịch điện tử và chữ ký số trong cơ quan nhà nước là thiếu kinh phí.
"Trong hệ thống mục lục ngân sách Nhà nước, chưa có mục chi riêng cho ứng dụng công nghệ thông tin, ngân sách Trung ương cấp cho các Bộ, ngành, địa phương được cấp chung, việc bố trí, phân bổ như thế nào là do các Bộ, ngành, địa phương chủ động, dẫn tới nếu Bộ, ngành, địa phương nào được lãnh đạo quan tâm thì mới được bố trí kinh phí cho ứng dụng công nghệ thông tin," Tiến sỹ Nguyễn Thành Phúc phân tích.
Ngoài khó khăn chính về kinh phí khi triển khai ứng dụng công nghệ thông tin, còn có một số khó khăn vướng mắc khác. Như người đứng đầu một số cơ quan Nhà nước chưa quan tâm, chỉ đạo quyết liệt việc ứng dụng công nghệ thông tin, xây dựng Chính phủ điện tử, chính quyền điện tử, chưa gương mẫu, tham gia trực tiếp vào quá trình chỉ đạo, điều hành trên môi trường mạng. Một số địa phương chưa thực sự quan tâm tới chất lượng, hiệu quả cung cấp dịch vụ công trực tuyến mức độ 3, mức độ 4, mới chỉ quan tâm tới số lượng dịch vụ công trực tuyến.
Bên cạnh đó, đầu tư ứng dụng công nghệ thông tin còn thiếu sự phối hợp; các Bộ, ngành, địa phương chậm xây dựng, ban hành Kiến trúc Chính phủ điện tử (cấp Bộ), Kiến trúc Chính quyền điện tử (cấp tỉnh) theo quy định của Thủ tướng Chính phủ và hướng dẫn của Bộ Thông tin và Truyền thông dẫn đến trùng lắp, không kết nối, chia sẻ dữ liệu.
