Theo báo cáo của Sở TNMT tỉnh Bình Thuận, để phục vụ cho nhà máy điện Vĩnh Tân cần có hạng mục Bến chuyên dùng phục vụ Nhà máy nhiệt điện Vĩnh Tân 1. Theo thiết kế, để đảm bảo độ sâu nước phải thi công nạo vét tại các khu vực mặt nước trước bến và vũng quay tàu. Hạng mục này đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) ngày 24/7/2014.
Số lượng nạo vét được (không phải khối lượng bùn thải) của Vĩnh Tân 1 là hơn 1,5 triệu m3, khối lượng nạo vét duy tu hàng năm là khoảng 268 nghìn m3/năm, toàn bộ khối lượng nạo vét được đổ tại bãi đổ ngoài biển. Vị trí nhận chìm khối lượng nạo vét đã được UBND tỉnh thống nhất tại vị trí thuộc khu vực biển có độ sâu trung bình -25 m, cách khu vực dự án trên 10 km, diện tích khu vực đổ là 300 ha. Vị trí này cách Khu bảo tồn biển Hòn Cau khoảng 8 km.
Việc đổ bùn cát (1,5 triệu m3) sau nạo vét cửa cảng ra biển của Nhiệt điện Vĩnh Tân 1 được thực hiện bằng phương thức “đổ mở đáy”. Diện tích khu vực đổ bùn, cát khoảng 300 ha và cách đảo Hòn Cau 8 km. Luồng tuyến tàu ra vào cảng cách Hòn Cau hơn 4 km. Khu vực mặt biển đổ bùn, cát có độ sâu trung bình 25m. Quá trình đổ bùn ra biển sẽ được giám sát bằng hệ thống quan trắc kết nối với các cơ quan quản lý nhà nước về môi trường.
Tuy nhiên, đã có những lo ngại về việc đổ bùn thải này sẽ ảnh hưởng nghiêm trọng đến môi trường biển, ảnh hưởng đến phát triển kinh tế, xã hội và cuộc sống của người dân. Đặc biệt nếu nguy cơ gây tác hại nghiêm trọng đến Khu bảo tồn biển Hòn Cau.
Vì vậy, tỉnh Bình Thuận đang đề nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường có phương án khác cho phù hợp, bảo đảm sự phát triển bền vững, hài hòa của khu vực này trong quá trình xây dựng, vận hành, khai thác Trung tâm Điện lực Vĩnh Tân nói chung và nhà máy nhiệt điện Vĩnh Tân 1 nói riêng.