Trước khi nắm giữ vị trí này, ông Trần Tú Khánh là Phó hiệu trưởng trường Đại học Vinh. Sau 2 năm công tác tại Bộ GD&ĐT, theo một số phản ánh thì ông Khánh dù được bổ nhiệm nhưng chưa phải là chuyên viên chính, tức là chưa đạt chuẩn.
Đối với trường hợp ông Khánh, Vụ Tổ chức cán bộ của Bộ GD&ĐT giải thích rằng trước khi được điều động, bổ nhiệm giữ chức Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Tài chính, ông Khánh là Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Vinh, tức đã là công chức theo Nghị định 06 của Chính phủ. Đồng thời, Bộ GD&DT cũng tạo điều kiện để ông Khánh hoàn thiện tiêu chuẩn chuyên viên chính sau khi được bổ nhiệm.
Tháng 11/2018, ông Khánh thi và trúng tuyển ngạch chuyên viên chính, đến tháng 4/2019 thì được bổ nhiệm ngạch chuyên viên chính.
Ông Trần Tú Khánh cũng là người đã ký giao chỉ tiêu hệ văn bằng 2 chính quy cho Trường ĐH Đông Đô, sự việc ồn ào từng được dư luận báo chí nhắc đến trong thời gian qua.
Hiện Bộ GD&ĐT đã chấp thuận đơn xin nghỉ việc của ông Trần Tú Khánh. Bộ đã tạm thời cử một Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch – Tài chính tạm thời phụ trách, điều hành đơn vị này thay ông Khánh.
