Ban Chỉ đạo Trung ương có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc liên quan đến quản lý, điều hành và tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2016-2020.
Cụ thể, các chương trình mà Ban Chỉ đạo Trung ương sẽ phối hợp giải quyết, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ ban hành các cơ chế, chính sách có liên quan gồm Chương trình mục tiêu quốc gia Xây dựng nông thôn mới và Chương trình mục tiêu quốc gia Giảm nghèo bền vững
Ban chỉ đạo giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối hoạt động giữa các Bộ, ngành, cơ quan trung ương và các địa phương trong việc triển khai, tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia. Giúp Thủ tướng đôn đốc các bộ, ngành, cơ quan trung ương và các địa phương trong việc xây dựng, hoàn thiện và hướng dẫn cơ chế, chính sách liên quan đến quản lý, điều hành các chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2016-2020. Đồng thời kiểm tra, giám sát, đánh giá, sơ kết, tổng kết, khen thưởng trong quá trình thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia.
Cũng theo quyết định của Thủ tướng, các Phó trưởng ban Chỉ đạo bao gồm: Bộ trưởng Bộ NNPTNT Nguyễn Xuân Cường, Bộ trưởng Bộ LĐTBXH Đào Ngọc Dung.
Các ủy viên Ban Chỉ đạo Trung ương gồm: Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc Đỗ Văn Chiến; Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Cao Lục; Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Văn Hiếu; Thứ trưởng Bộ Tài chính Huỳnh Quang Hải; Thứ trưởng NNPTNT Trần Thanh Nam; Thứ trưởng Bộ LĐTBXH Nguyễn Trọng Đàm; Thứ trưởng Bộ TTTT Nguyễn Minh Hồng; Thứ trưởng Bộ Công an Bùi Văn Thành; Thứ trưởng Bộ Y tế Phạm Lê Tuấn; Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Nhật; Thứ trưởng Bộ TNMT Chu Phạm Ngọc Hiển; Thứ trưởng Bộ GDĐT Phạm Mạnh Hùng; Thứ trưởng Bộ Xây dựng Đỗ Đức Duy; Thứ trưởng Bộ VHTTDL Huỳnh Vĩnh Ái; Phó Thống đốc NHNN Nguyễn Đồng Tiến; Thứ trưởng Bộ Công thương Cao Quốc Hưng; Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, Trung tướng Trần Đơn; Thứ trưởng Bộ Nội vụ Nguyễn Trọng Thừa; Thứ trưởng Bộ KHCN Trần Quốc Khánh; Tổng giám đốc Ngân hàng CSXH Việt Nam Dương Quyết Thắng.
