Số tiền này bị truy thu là do thay đổi giá tính thuế từ Công ty TNHH MTV Thương mại Bia Sài Gòn sang Công ty Cổ phần Thương mại khu vực của Sabeco trong thời gian từ 2010 đến 2014 (trừ số kiến nghị truy thu năm 2013 của Kiểm toán Nhà nước).
Hiện Thanh tra Chính phủ đang đề nghị Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục thuế, Cục thuế TPHCM thực hiện việc truy thu này.
Được biết, trường hợp cơ sở sản xuất hàng hoá chịu thuế tiêu thụ đặc biệt bán hàng qua cơ sở kinh doanh thương mại thì giá làm căn cứ tính thuế tiêu thụ đặc biệt là giá bán của cơ sở sản xuất nhưng không thấp hơn 10% giá bình quân của cơ sở thương mại đó bán ra.
Tuy nhiên, một số doanh nghiệp đã thành lập các công ty con là các cơ sở kinh doanh thương mại để thực hiện bán hàng và kê khai thuế tiêu thụ đặc biệt theo giá bán của cơ sở sản xuất bán cho các công ty con và không thấp hơn 10% so với giá các công ty con bán ra, làm giảm số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp ngân sách Nhà nước.
Cụ thể, với trường hợp Bia Sài Gòn, đơn vị sở hữu thương hiệu Bia Sài Gòn, gồm 2 nhà máy hạch toán phụ thuộc, các công ty con và liên kết. Các đơn vị sản xuất bán sản phẩm bia Sài Gòn cho công ty TNHNN MTV Thương mại Bia Sài Gòn (công ty con 100% vốn của Tổng công ty). Công ty này lại tiếp tục bán sản phẩm cho 10 công ty cổ phần thương mại khu vực có vốn góp từ 90 - 94,92%. Các công ty thương mại khu vực sau đó mới bán tiếp sản phẩm cho đại lý cấp 1, là các cơ sở kinh doanh thương mại độc lập.
Theo Kiểm toán Nhà nước, cơ sở sản xuất thực hiện tính, kê khai và nộp thuế tiêu thụ đặc biệt theo giá bán tai công ty TNHH MTV Bia Sài Gòn, thuộc cùng hệ thống sản xuất - tiêu thụ của Tổng công ty, không phải cơ sở kinh doanh thương mại độc lập với cơ sở sản xuất. Kiểm toán xác định với mô hình tổ chức sản xuất và tiêu thụ sản phẩm của Tổng công ty, thì giá tính thuế phải là giá bán ra của các công ty thương mại khu vực, qua đó xác định tăng thuế tiêu thụ đặc biệt 408 tỷ đồng.
