Theo Bộ Tài chính, trong thời gian qua đã có nhiều phản ánh từ người dân, doanh nghiệp về bộ đối với những tồn tại trong hoạt động thu phí, lệ phí của các đơn vị thu phí, lệ phí, trong đó có bao gồm cả việc thu phí hoàn vốn tại các dự án BOT.
Cụ thể là các biểu hiện như thu phí nhưng không xuất biên lai (hoặc hóa đơn), thu cao hơn số phí ghi trên biên lai, kê khai phí, lệ phí không đúng với số tiền phí, lệ phí thu được…
Do vậy, để khắc phục tình hình này, đồng thời tăng cường công tác quản lý thu phí, lệ phí, đảm bảo công khai, minh bạch, công bằng trong hoạt động thu phí, lệ phí, Bộ Tài chính yêu cầu cục thuế các địa phương triển khai thực hiện, và chỉ đạo chi cục thuế trực thuộc tăng cường quản lý hoạt động như in, phát hành, sử dụng biên lai, hóa đơn thu phí, lệ phí; kê khai, thu, nộp, quyết toán phí, lệ phí, thuế,… của các đơn vị thu phí, lệ phí. Trong đó, có các đơn vị thu phí sử dụng đường bộ hoàn vốn các dự án BOT trên địa bàn quản lý.
Bộ Tài chính cũng yêu cầu các cục thuế địa phương xử lý theo thẩm quyền hoặc báo cáo cơ quan có thẩm quyền xử lý các trường hợp vi phạm trong hoạt động thu phí, lệ phí và kê khai nộp thuế, phí, lệ phí. Trường hợp phát sinh vướng mắc, báo cáo Bộ Tài chính xem xét, hướng dẫn.