Ban chỉ đạo có trách nhiệm chỉ đạo, theo dõi, giám sát việc thực hiện dự án “Tăng cường năng lực quản lý môi trường nước lưu vực sông” bảo đảm mục tiêu, tiến độ, chất lượng và nguồn lực quy định tại văn kiện dự án đã được phê duyệt.
Về lãnh đạo của Ban chỉ đạo, ông Võ Tuấn Nhân, Thứ trưởng Bộ Tài nguyên Môi trường làm Trưởng ban. Thành viên Ban chỉ đạo gồm lãnh đạo các đơn vị trực thuộc Bộ Tài nguyên Môi trường; lãnh đạo Sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh/thành phố (Bắc Giang, Bắc Ninh, Bình Dương, Đồng Nai, Thành phố Hồ Chí Minh, Thái Nguyên) và đại diện Cơ quan Hợp tác quốc tế Nhật Bản (JICA) tại Việt Nam.
Mục tiêu của dự án là tăng cường năng lực xây dựng và thực thi chính sách, pháp luật của Bộ Tài nguyên và Môi trường và năng lực thực thi công tác bảo vệ môi trường lưu vực sông của các Sở Tài nguyên và Môi trường tham gia dự án; qua đó hướng tới từng bước cải thiện chất lượng môi trường nước lưu vực sông, đặc biệt là tình trạng ô nhiễm môi trường tại 3 lưu vực sông chính như: Sông Cầu, sông Nhuệ - sông Đáy và hệ thống sông Đồng Nai.