Theo Đề án này, TP.HCM sẽ là hạt nhân của cả vùng kinh tế trọng điểm phía Nam, khi xây dựng cần kết nối để bảo đảm thuận tiện liên kết với các tỉnh và có tính chất liên kết vùng. Để thực hiện, 9 trục đường chính đô thị và 5 tuyến đường trên cao được xây dựng nhằm đảm bảo giao thông thuận tiện cho việc liên kết vùng.
Đồng thời, TP.HCM sẽ phải bổ sung thêm các cầu Cát Lái nối quận 2 TP.HCM - Nhơn Trạch (Đồng Nai) và cầu Cần Giờ (Nhà Bè - Cần Giờ) để nhanh chóng phát triển giao thông của TP này. Tiếp đó, vành đai 2 (Thủ Đức) sẽ được kết nối với vành đai 3 (Gò Công, tỉnh Tiền Giang) vượt qua sông Đồng Nai đến đầu Quốc lộ 20 tại ra chuỗi liên kết giữa đường cao tốc TP.HCM - Long Thành - Dầu Giây với QL1 (Đồng Nai).
Tuyến cao tốc TP.HCM-Mộc Bài cũng sẽ được điều chỉnh thành hướng TP.HCM đi qua khu vực Tây Ninh và kéo dài từ Gò Dầu tới khu vực cửa khẩu Xa Mát (Tây Ninh). Điều chỉnh tuyến N2 (đường Hồ Chí Minh) bằng cách nối từ Trảng Bàng (Tây Ninh) tới Thạnh Hóa (Long An) thay vì đi hình chữ Z về Đức Hòa (Long An) như trước đây.
Đối với tuyến đường thủy, TEDI đề xuất các kết nối nhanh hướng Đông Tây từ cửa sông Vàm Cỏ đến cụm cảng Cái Mép-Thị Vải (Bà Rịa-Vũng Tàu) và từ sông Đồng Nai tới sông Thị Vải. Bổ sung thêm các cảng sông ICD (cảng trung chuyển) để gom hàng và vận chuyển tới các cảng lớn. Riêng đối với tuyến đường sắt, đề án có đề xuất bổ sung nhánh kết nối ga Bình Triệu với đường sắt Sài Gòn-Cần Thơ để tăng cường liên kết phát triển vận tải.
Trước đó, tại Quyết định phê duyệt điều chỉnh Quy hoạch phát triển giao thông vận tải vùng kinh tế trọng điểm phía Nam đến năm 2020 và định hướng đến năm 2030 của Chính phủ đã yêu cầu tập trung giải quyết các vướng mắc, tập trung đầu tư đồng bộ các công trình quan trọng bức thiết có vai trò động lực phát triển kinh tế; chú trọng phát triển giao thông địa phương đáp ứng yêu cầu phát triển nông thôn mới.
