Kết thúc kiểm toán 27 dự án BOT, Kiểm toán Nhà nước đã đề nghị giảm tổng cộng tới 100 năm thu phí. Cụ thể, sau khi rà soát các chi phí đầu vào, tính toán lại phương án tài chính cho sát thực tế, phù hợp với quy định, Kiểm toán Nhà nước đã giảm thời gian thu phí hoàn vốn của các dự án từ 10 tháng đến 13 năm so với phương án tài chính ban đầu nhà đầu tư đưa ra.
Sau nhiều cuộc kiểm toán về các dự án BOT, phía Kiểm toán Nhà nước đánh giá, việc quản lý lĩnh vực này còn rất lỏng lẻo, thiếu chặt chẽ, cách xác định một số chỉ tiêu trong phương án tài chính chưa đảm bảo tính đúng đắn.
Đáng lưu ý là, tỷ lệ góp vốn chủ sở hữu của nhà đầu tư trên tổng vốn đầu tư thấp hơn cam kết. Do phải đi vay nguồn vốn rất lớn, dẫn đến đội chi phí đầu tư lên cao, từ đó dẫn đến thời gian thu phí kéo dài.
Theo Kiểm toán Nhà nước hiện nay vẫn còn tình trạng nhiều đơn vị chỉ dựa trên số liệu thống kê của tư vấn khảo sát trong 2 – 3 ngày để nội quy ra lưu lượng phương tiện 365 ngày, hoặc căn cứ kết quả khảo sát lưu lượng phương tiện đã cũ của Tổng Cục đường bộ Việt Nam.
Đến thời điểm hiện tại, hầu hết các dự án đầu tư theo hình thức BOT đều áp dụng hình thức chỉ định nhà đầu tư và chỉ định nhà thầu thi công mà không thực hiện đấu thầu. Việc xác định tổng mức vốn đầu tư của dự án còn sai sót, xác định tổng vốn đầu tư của dự án bao gồm cả phần thuế GTGT được nhà nước hoàn lại.
Phần góp vốn chủ sở hữu cũng chưa đúng tỷ lệ cam kết. Do phải đi vay nguồn vốn rất lớn, dẫn đến đội chi phí đầu tư lên cao, từ đó dẫn đến thời gian thu phí kéo dài.
Trước tình trạng trên, Kiểm toán Nhà nước đề nghị các cơ quan chức năng Chính phủ quan tâm nhiều hơn đến vấn đề nguồn vốn của nhà đầu tư; Đề nghị Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ GTVT bổ sung tiêu chí đánh giá năng lực quản lý đầu tư các dự án ngành GTVT và các quy định đánh giá lựa chọn nhà đầu tư BOT giao thông, đồng thời nêu rõ trách nhiệm, quyền hạn, cơ chế phối hợp cũng như chế tài xử lý trong quá trình triển khai dự án.
Kiểm toán Nhà nước cũng đề nghị, cần quy định về việc thường xuyên công khai, cập nhật lưu lượng phương tiện, doanh thu hoàn vốn, thời gian thu phí hoàn vốn của dự án BOT khi đàm phán và ký kết hợp đồng.
Bên cạnh đó, phải có cơ chế kiểm soát lưu lượng phương tiện qua trạm, kiểm soát doanh thu thực tế của dự án để đảm bảo tính công khai, minh bạch trong thực hiện dự án BOT giao thông.