Việc lấy mẫu được thực hiện bởi cơ quan tư vấn việc lập báo cáo đánh giá tác động môi trường là Viện Khoa học và công nghệ môi trường, trường Đại học Bách Khoa Hà Nội.
Theo Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội, hiện lượng bùn tích tụ trong lòng Hồ tại nhiều điểm đã cao đến 1m, lượng nước hồ nhiều điểm chỉ còn 50cm từ mặt nước xuống mặt bùn.
Bước đầu Công ty sẽ dùng lưới để dồn các sinh vật, thủy sản có trong hồ về một phía sau đó sẽ tiến hành nạo vét từng ô. Tổng cộng 12ha mặt hồ sẽ được chia làm 10 ô để nạo vét cuốn chiếu từng ô.
Xung quanh phần kè hồ, khu vực Tháp Rùa, cầu Thê Húc, đền Ngọc Sơn sẽ thực hiện nạo vét thủ công để bảo vệ khu vực chân kè.
Theo chỉ đạo của UBND TP. Hà Nội, sau nạo vét bùn từ 4 - 5 tháng, khi môi trường Hồ đã hoàn nguyên mới tiến hành tiếp tục lấy mẫu phân tích kiểm tra thật kỹ lưỡng mới quyết định bước cải tạo tiếp theo.
Việc cải tạo môi trường nước hồ Hoàn Kiếm phải được thực hiện hết sức thận trọng để đảm bảo được màu xanh đặc hữu vốn có của Hồ. Dự kiến việc nạo vét chỉ thực hiện sau 22 giờ đêm đến 5 giờ sáng hôm sau, ban ngày người dân vẫn dạo quanh Hồ bình thường.
Về vấn đề này, tại buổi giao ban báo chí do Ban Tuyên giáo Thành ủy diễn ra vào chiều 30/5 ông Võ Tiến Hùng, Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội cho biết, hiện hồ Hoàn Kiếm đang bị ô nhiễm khá nghiêm trọng và đã mất khả năng tự làm sạch. Chất lượng nước Hồ ngày càng một suy giảm, độ PH luôn ở mức cao, cặn lơ lửng trong Hồ cao hơn tiêu chuẩn cho phép ở cả 5 vị trí quan trắc.
Do hồ Hoàn Kiếm là di tích quốc gia đặc biệt nên dự án làm sạch nước Hồ sẽ phải lấy ý kiến Bộ Văn hóa - Thể thao & du lịch, cùng đó, phải thông qua Bộ Tài nguyên và Môi trường xét duyệt đánh giá tác động môi trường.
Nếu có sự đồng thuận của 2 Bộ này, khoảng cuối tháng 7 đầu tháng 8/2017, Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội sẽ bắt đầu triển khai nạo vét và làm sạch Hồ.