Theo Bộ trưởng Bộ Tài chính Đinh Tiến Dũng, chống chuyển giá là công việc cực kỳ phức tạp, các hành vi gian lận rất tinh vi. Doanh nghiệp chuyển giá không chỉ trong khâu sản xuất mà ngay từ khâu đầu tư, nhập thiết bị.
Đồng thời, nhiệm vụ chống chuyển giá lại là trách nhiệm nhiều ngành khác chứ không riêng ngành tài chính. Trong khi, hiện tượng chuyển giá thì ngày càng phức tạp.
Theo số liệu của Bộ Tài chính, hết năm 2015, bộ đã thanh tra, kiểm tra 2.421 doanh nghiệp có dấu hiệu chuyển giá. Qua đó giảm lỗ trên 4.400 tỷ đồng, truy hoàn và phạt trên 500 tỷ đồng. Hơn 1.600 hồ sơ vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, dấu hiệu trốn thuế, có dấu hiệu chiếm đoạt tiền hoàn thuế... cũng được Bộ chuyển sang cơ quan điều tra.
Theo Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn, hiện Tổng cục Thuế đã xây dựng cơ sở dữ liệu về tài chính, kinh doanh của 12.000 doanh nghiệp FDI. Tuy nhiên khi sử dụng dữ liệu này vào hoạt động chống chuyển giá, đặc biệt là chống chuyển giá với những doanh nghiệp sản xuất có nhập linh kiện từ những quốc gia khác như Trung Quốc (chẳng hạn trường hợp Formosa) thì rất khó.
Xác nhận thực tế này, một đại diện Văn phòng Chính phủ cho biết chống chuyển giá trốn thuế là nội dung rất phức tạp, do các quy định pháp luật từ trước đến nay trong lĩnh vực này đều là không hiệu quả. Do vậy, việc soạn thảo nghị định cần thận trọng và phải đạt hiệu quả ngăn chặn được hành vi chuyển giá. Tuy nhiên, dù đã quá hạn 2 tháng, nhưng Bộ Tài chính cần hoàn thành soạn dự thảo nghị định trong tháng 11/2016, đúng với cam kết với Chính phủ.