Theo Kết luận Thanh tra số 2222/KL-TTCP của Thanh tra Chính phủ mới đây, VNR phải báo cáo Bộ GTVT về hàng loạt sai phạm trong vận hành và quản lý doanh nghiệp.
Cụ thể, VNR phải rà soát, điều chỉnh, hạch toán đúng quy định đối với 11 nội dung, tổng số tiền 1.109 tỷ đồng theo Kết luận Thanh tra Chính phủ đã nêu. Ngoài ra, VNR cũng kiện toàn hệ thống quản trị doanh nghiệp, phân định rõ giữa kinh doanh kết cấu hạ tầng và kinh doanh vận tải trên đường sắt do Nhà nước đầu tư.
Tuy nhiên, về vấn đề liên quan đến quản lý đất đai, trong đó có cả việc "hô biến" 2 khu đất vàng ở trung tâm Hà Nội, VNR đã xin khất lại chưa báo cáo. Lý do VNR đưa ra là Bộ GTVT "chỉ" cho VNR thời gian một tháng để thống kê, kiểm tra tình hình, trong khi đất thuộc VNR quản lý kéo dài trên 34 tỉnh.
Còn việc thực hiện xử lý những đơn vị, các nhân thuộc thẩm quyền có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm đã nêu trong Kết luận Thanh tra, lãnh đạo VNR cho rằng, do có nhiều sự việc được Thanh tra Chính phủ xem xét, thanh tra trong khoảng thời gian dài nên với thời gian gần 1 tháng, Tổng Công ty chưa tổng hợp được danh sách tổ chức, các nhân có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm có liên quan và chưa tiến hành xem xét khuyết điểm, vi phạm của tổ chức, cá nhân liên quan.
