Theo Quyết định số 1282/QĐ-BYT hướng dẫn tạm thời việc xét nghiệm COVID-19, để được giao thực hiện xét nghiệm khẳng định đối với các trường hợp mắc COVID-19, các đơn vị phải đáp ứng đầy đủ các yêu cầu về nhân lực, cơ sở vật chất, trang thiết bị, phương tiện phù hợp để thực hiện xét nghiệm Realtime RT-PCR để phát hiện ARN của virus SAR-CoV-2 trong bệnh phẩm đường hô hấp; cán bộ xét nghiệm được tập huấn về kỹ thuật xét nghiệm và an toàn sinh học; phòng xét nghiệm đảm bảo an toàn sinh học cấp II hoặc có phòng tách mẫu áp lực âm; và được Viện Vệ sinh dịch tễ hoặc Viện Pasteur theo phân vùng phụ trách đánh giá xác nhận đủ năng lực xét nghiệm khẳng định.
Bộ Y tế giao các cơ sở xét nghiệm COVID-19 thực hiện việc thu thập, vận chuyển, bảo quản mẫu bệnh phẩm xét nghiệm tuân thủ các qui định của Bộ Y tế; thực hiện xét nghiệm theo hướng dẫn của nhà sản xuất, đảm bảo chất lượng và an toàn; và thực hiện thống kê báo cáo số liệu theo quy định của Bộ Y tế về hướng dẫn chế độ thông tin báo cáo và khai báo bệnh, dịch bệnh truyền nhiễm. Bên cạnh đó, tham mưu hỗ trợ cho Sở Y tế trực thuộc, các đơn vị quản lý để tiến hành việc đào tạo, giám sát hỗ trợ kỹ thuật trên địa bàn phụ trách.
Việc xét nghiệm khẳng định của các đơn vị được thực hiện theo khuyến cáo của Tổ chức Y tế thế giới, sử dụng kỹ thuật xét nghiệm sinh học phân tử để khẳng định các trường hợp mắc COVID-19; quy trình xét nghiệm theo khuyến cáo của Tổ chức Y tế thế giới (WHO) hoặc cơ quan kiểm soát bệnh tật Hoa Kỳ (CDC).
Trong trường hợp kết quả xét nghiệm dương tính, cơ sở xét nghiệm thông báo kết quả cho Ban Chỉ đạo địa phương và báo cáo Ban chỉ đạo Quốc gia; trường hợp kết quả xét nghiệm âm tính, cơ sở xét nghiệm thông báo kết quả xét nghiệm cho đơn vị gửi mẫu.
Bộ Y tế cũng giao Sở Y tế tỉnh, TP trực thuộc Trung ương chỉ đạo, kiểm tra, điều phối việc thực hiện công tác xét nghiệm COVID- 19 trên địa bàn tỉnh, TP, đảm bảo xét nghiệm kịp thời, hiệu quả; đồng thời, chỉ đạo các cơ sở xét nghiệm trên địa bàn kiện toàn năng lực xét nghiệm, tổ chức tập huấn, tập huấn lại cho cán bộ về kỹ thuật xét nghiệm COVID-19; phối hợp với các sở, ban ngành có liên quan hỗ trợ và tổ chức giám sát việc triển khai xét nghiệm COVID-19.