Bộ Khoa học và Công nghệ phân công công việc theo nguyên tắc Bộ trưởng lãnh đạo, quản lý chung mọi mặt hoạt động và công tác thuộc chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ.
Các Thứ trưởng giúp Bộ trưởng chỉ đạo, xử lý công việc thường xuyên trong các lĩnh vực, công tác, cơ quan, đơn vị và địa phương được Bộ trưởng phân công.
Theo quyết định, Bộ trưởng Nguyễn Mạnh Hùng lãnh đạo, quản lý toàn diện mọi hoạt động thuộc chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ Khoa học và Công nghệ. Trực tiếp chỉ đạo, điều hành công tác tổ chức, cán bộ; bảo vệ chính trị nội bộ; công tác pháp chế và các công tác khác do Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao.
Bộ trưởng trực tiếp chỉ đạo đơn vị: Vụ Tổ chức cán bộ.
Thứ trưởng Bùi Thế Duy giúp Bộ trưởng phụ trách các lĩnh vực: Nghiên cứu khoa học; Phát triển công nghệ; phụ trách công tác: Hợp tác quốc tế, hội nhập kinh tế quốc tế.
Thứ trưởng Duy theo dõi và chỉ đạo các đơn vị: Vụ Hợp tác Quốc tế; Vụ Khoa học kỹ thuật và Công nghệ; Vụ Khoa học xã hội nhân văn và tự nhiên; Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam - Hàn Quốc; Quỹ phát triển khoa học và công nghệ quốc gia; Văn phòng các chương trình trọng điểm cấp Nhà nước; Văn phòng các chương trình khoa học và công nghệ quốc gia; Văn phòng Uỷ ban Vũ trụ Việt Nam.
Thứ trưởng Phạm Đức Long giúp Bộ trưởng phụ trách các lĩnh vực: Hạ tầng số, hạ tầng bưu chính; Chuyển đổi số; và công tác: Quy hoạch, chiến lược phát triển ngành Khoa học và Công nghệ; Công tác Đảng, Đoàn thể; Thực hiện quyền, trách nhiệm đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước tại Tổng Công ty Bưu điện Việt Nam; Công tác phòng, chống lụt, bão, giảm nhẹ thiên tai.
Thứ trưởng Phạm Đức Long theo dõi và chỉ đạo các đơn vị: Vụ Bưu chính; Vụ Kinh tế và Xã hội số; Cục Viễn thông; Cục Tần số vô tuyến điện; Cục Bưu điện Trung ương; Cục Chuyển đổi số quốc gia; Trung tâm Internet Việt Nam; Trung tâm Chứng thực điện tử quốc gia; Viện Công nghệ số và Chuyển đổi số quốc gia; Quỹ Dịch vụ Viễn thông công ích Việt Nam...
Thứ trưởng Lê Xuân Định giúp Bộ trưởng phụ trách các lĩnh vực: Tiêu chuẩn đo lường chất lượng; Năng lượng nguyên tử, an toàn bức xạ và hạt nhân; công tác Thông tin và thống kê.
Thứ trưởng Lê Xuân Định thực hiện quyền, trách nhiệm đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước tại Công ty TNHH MTV Phát triển và Ứng dụng công nghệ (NEAD); Theo dõi và chỉ đạo các đơn vị: Cục An toàn bức xạ và hạt nhân; Cục Thông tin, Thống kê; Uỷ ban Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng Quốc gia; Viện Năng lượng nguyên tử Việt Nam; Công ty TNHH MTV Phát triển và Ứng dụng công nghệ (NEAD).
Thứ trưởng Hoàng Minh giúp Bộ trưởng phụ trách các lĩnh vực: Ứng dụng công nghệ, đổi mới sáng tạo, khởi nghiệp và doanh nghiệp khoa học và công nghệ; Sở hữu trí tuệ và công tác đào tạo, bồi dưỡng, phát triển nguồn nhân lực.
Thứ trưởng Minh theo dõi và chỉ đạo các đơn vị: Cục Sở hữu trí tuệ; Cục Khởi nghiệp và Doanh nghiệp công nghệ; Cục Đổi mới sáng tạo; Vụ Đánh giá và Thẩm định công nghệ; Quỹ Đổi mới công nghệ quốc gia; Viện Khoa học sở hữu trí tuệ; Viện Ứng dụng công nghệ; Viện Nghiên cứu và Phát triển vùng; Viện Nghiên cứu sáng chế và Khai thác công nghệ; Học viện Công nghệ Bưu chính Viễn thông; Trường Cao đẳng Thông tin và Truyền thông.
Thứ trưởng Bùi Hoàng Phương được phân công đảm nhiệm vai trò người phát ngôn của Bộ Khoa học và Công nghệ.
Thứ trưởng Bùi Hoàng Phương giúp Bộ trưởng phụ trách lĩnh vực: Công nghiệp công nghệ số và công tác: Văn phòng, Kế hoạch - Tài chính; Thanh tra; Thi đua - khen thưởng và lịch sử - truyền thống; Nội chính; Chuyển đổi số trong công tác cán bộ và chuẩn hoá quy trình cán bộ, hồ sơ cán bộ; Cải cách hành chính; Báo chí, truyền thông; Báo VnExpress; Nhà Xuất bản Thông tin và Truyền thông; Nhà Xuất bản Khoa học Kỹ thuật; Tổng Công ty Truyền thông đa phương tiện VTС...
