Bị Bắc Kinh công khai khiêu khích ngoài khơi quần đảo Natuna, Jakarta bắt đầu phản ứng một cách dứt khoát hơn.
Theo biên bản mà tạp chí Anh có được về một cuộc họp giữa tướng Gatot Nurmantyo, tư lệnh quân đội Indonesia, với Ủy Ban Quốc phòng, Tình báo và Ngoại vụ Hạ viện Indonesia, thì Không quân Indonesia sắp triển khai 4 đơn vị đặc nhiệm trên bộ lên đảo Pulau Natuna Besar, đảo lớn nhất thuộc vùng quần đảo Natuna ở Biển Đông. Đây là các đơn vị được trang bị hệ thống phòng không Oerlikon Skyshield, một dàn cao xạ tự động đa năng 35 ly, có thể bắn 1.000 phát mỗi phút, và sử dụng loại đạn được dẫn đường chính xác.
Cũng theo IHS Jane’s, trong cuộc họp kể trên, quân đội Indonesia còn xin ngân sách để tăng cường đáng kể lực lượng đồn trú tại quần đảo Natuna, bao gồm việc trang bị thêm các hệ thống phòng không tầm trung trên đảo Pulau Natuna Besar, xây thêm cơ sở để đón 8 chiến đấu cơ loại Su-27, Su-30 hoặc F-16 sắp được đưa đến căn cứ không quân Ranai ở thủ phủ quần đảo Natuna. Một phi đội máy bay không người lái cũng sẽ được bố trí tại Natuna, hai căn cứ không quân và hải quân tại chỗ được mở rộng, trong lúc số lính đồn trú sẽ nhân đôi, đạt mức 2.000 quân từ nay đến cuối năm.
Natuna là một quần đảo gồm 270 đảo ở phía Nam Biển Đông, nằm giữa bán đảo Mã Lai và đảo Borneo. Chủ quyền quần đảo này thuộc về Indonesia, nhưng một phần vùng đặc quyền kinh tế của Natuna lại bị đường lưỡi bò của Trung Quốc trên Biển Đông ăn vào. Theo các nhà phân tích, Trung Quốc đã có những hành vi hung hăng nhắm vào Indonesia từ lâu, nhưng Jakarta hầu như không phản ứng để duy trì mối quan hệ hữu hảo về mặt kinh tế.
Tuy nhiên, các hành vi khiêu khích rõ rệt của Trung Quốc trong thời gian gần đây đã buộc Indonesia phải thay đổi quan điểm, đặc biệt là vụ việc hôm 19/4 vừa qua, khi tàu hải cảnh Trung Quốc đã can thiệp thô bạo để đánh tháo cho một tàu cá Trung Quốc bị tuần duyên Indonesia chận bắt ngoài khơi Natuna. Điều đáng nói là khi bị chất vấn, Bắc Kinh đã thản nhiên biện minh cho hành vi của mình bằng luận điểm: khu vực đó là ngư trường truyền thống của Trung Quốc.
Đối với giới quan sát, quyết định tăng cường đáng kể lực lượng quân sự đóng tại quần đảo Natuna như đã biến nơi đây thành tiền đồn chống lại các hành vi hung hăng của Trung Quốc nhắm vào Indonesia. Điều này thể hiện một sự chuyển đổi quan trọng trong cái nhìn của Jakarta đối với hiểm họa Trung Quốc, bị cho là có thể đe dọa sự toàn vẹn lãnh thổ của Indonesia.