Ở giai đoạn 2 vụ án "chuyến bay giải cứu", Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố 17 bị can. Trong số đó, bị can Nguyễn Mạnh Trường (cựu Chuyên viên Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam) bị đề nghị truy tố về tội "Nhận hối lộ".
Theo kết luận điều tra, bị can Vũ Hồng Quang (cựu Phó Trưởng phòng Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam - cấp trên của Trường) có nhiệm vụ tiếp nhận, xem xét ra quyết định cấp phép bay cho các Hãng hàng không thực hiện các chuyến bay "Combo" do doanh nghiệp tổ chức sau khi có sự phê duyệt của Văn phòng Chính phủ và Tổ công tác 4 Bộ/5 Bộ.
Trong quá trình các doanh nghiệp triển khai thực hiện chuyến bay "Combo" đưa công dân về nước, có một số chuyến bay doanh nghiệp không thuê được tàu bay cỡ lớn để chở hết số lượng khách được duyệt nên phải thuê hai tàu nhỏ dẫn đến phát sinh chi phí, trong khi vẫn còn ghế trống khách.
Để có thêm lợi nhuận, Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó Giám đốc Công ty Bluesky) và Nguyễn Tiến Mạnh (Phó Giám đốc Công ty Lữ hành Việt) đã trao đổi, thỏa thuận và được Vũ Hồng Quang đồng ý cấp phép bay theo số lượng khách vượt so với văn bản đã được duyệt với chi phí 2 triệu đồng/1 khách.
Thực hiện thỏa thuận, Vũ Hồng Quang đã chỉ đạo Nguyễn Mạnh Trường (chuyên viên Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải) triển khai cấp phép bay trái quy định cho 1.019 khách, theo yêu cầu của Hằng và Mạnh. Quang được Hằng và Mạnh hối lộ tổng số tiền hơn 1,9 tỷ đồng (nhận hơn 1,8 tỷ đồng của Hằng và nhận 170 triệu đồng của Mạnh).
Sau khi nhận tiền, Quang đã chủ động chuyển khoản 4 lần, chia cho Trường tổng cộng 244 triệu đồng.
Cụ thể, ngày 16/11/2022, chuyển khoản số tiền 81 triệu đồng, nội dung chuyển "Blue over 162".
Ngày 22/11/2022, chuyển khoản số tiền 70 triệu đồng, nội dung chuyển "Blue 19.11 over 140".
Ngày 23/11/2022, chuyển khoản số tiền 22 triệu đồng, nội dung chuyển "Lu Hanh Viet over 43.
Ngày 29/11/2022, chuyển khoản số tiền 71 triệu đồng, nội dung chuyển "Blue over 142". Nội dung các lần Quang chuyển tiền cho Nguyễn Mạnh Trường thể hiện số khách được cấp phép bay vượt so với văn bản của cơ quan có thẩm quyền đã phê duyệt cho 2 công ty Bluesky và Công ty Lữ Hành Việt.
Như vậy, bị can Nguyễn Mạnh Trường đã nhận hối lộ 244 triệu đồng để đề xuất và triển khai cấp phép bay quá số lượng so với văn bản được duyệt cho doanh nghiệp theo chỉ đạo của Vũ Hồng Quang.
Hành vi đưa hối lộ của Nguyễn Thị Thanh Hằng, Nguyễn Tiến Mạnh và hành vi nhận hối lộ của Vũ Hồng Quang đã bị xét xử ở Giai đoạn 1 vụ án, nên không xem xét trong vụ án này.
Bị Can Trường thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải; tích cực hợp tác với cơ quan điều tra; tự nguyện nộp lại toàn bộ 244.000.000 đồng để khắc phục hậu quả.