Theo Vụ Tổ chức cán bộ của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, đến thời điểm ngày 6/3 sau khi sáp nhập, có 717 công chức, viên chức, người lao động (thuộc diện điều chỉnh bởi Nghị định 177, 178) có đơn xin nghỉ. Ngoài ra, Bộ này còn có 283 trường hợp nguyện vọng xin nghỉ công tác (nếu có kinh phí).
Trong số này, người xin nghỉ hưu trước tuổi có 596 trường hợp (195 công chức, 315 viên chức và 86 người lao động); thôi việc có 121 trường hợp. Trong tổng số 717 công chức, viên chức, người lao động có đơn xin nghỉ có 1 lãnh đạo cấp trưởng đơn vị trực thuộc Bộ; 6 lãnh đạo cấp phó đơn vị trực thuộc Bộ, 1 người là Chủ tịch công đoàn Bộ; 65 trưởng phòng, 111 phó trưởng phòng và tương đương các đơn vị thuộc và trực thuộc Bộ.
Tính đến ngày 10/3, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đã giải quyết việc nghỉ chế độ theo quy định của Nghị định số 178/2024 đối với 3 trường hợp.
Phát biểu tại Hội nghị giao ban tháng 2 và triển khai thực hiện các nhiệm vụ quan trọng trong năm 2025 của Bộ Nông nghiệp và Môi trường ngày 11/3, Bộ trưởng Nông nghiệp và Môi trường Đỗ Đức Duy cho biết, Bộ đã thực hiện rất nghiêm túc chỉ đạo của Trung ương về việc xây dựng và triển khai Đề án hợp nhất Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Tài nguyên và Môi trường. Sau khi hợp nhất, không xảy ra vấn đề phát sinh lớn.
Thời gian tới, Bộ Nông nghiệp và Môi trường tiếp tục tổ chức sắp xếp bộ máy, trong đó yêu cầu nhanh chóng ổn định tổ chức.
Bộ tiếp tục sắp xếp tổ chức bộ máy các đơn vị sự nghiệp trực thuộc; sắp xếp bộ máy bên trong của các cơ quan, đơn vị.
Sau hợp nhất, cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Môi trường có 30 đơn vị (trong đó có 26 đơn vị hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước) và 80 cơ quan, đơn vị trực thuộc.
