Trong vụ án, cơ quan tố tụng đã truy tố ông Phạm Công Danh - nguyên Chủ tịch HĐQT VNCB, ông Trầm Bê - nguyên Phó Chủ tịch HĐQT, Chủ tịch HĐTD Sacombank… và 44 đồng phạm.
Các bị cáo bị truy tố phần lớn do phạm tội "Cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng", gây thiệt hại cho xảy ra cho VNCB hơn 6.126 tỷ đồng và dẫn tới việc NHNN phải mua lại ngân hàng này với giá 0 đồng.
Sau 1 tháng xét xử (bắt đầu ngày 8/1/2018), Hội đồng xét xử đã tuyên trả hồ sơ, điều tra bổ sung vụ án vì thiếu các chứng cứ theo quy định tố tụng. Hội đồng xét xử đề nghị cơ quan điều tra bổ sung 6 vấn đề chủ chốt. Cụ thể:
Thứ nhất, cần làm rõ việc các bị cáo là cán bộ BIDV, TPBank và người bào chữa khai tại tòa là không quen biết Phạm Công Danh, không biết các công ty của ông Danh đi vay làm gì mà chỉ biết các đơn vị này do ông Danh giới thiệu. Quá trình xét xử chưa chứng minh được việc này từ bị cáo Danh.
Thứ hai, bị cáo Trầm Bê, Phan Huy Khang cho rằng VNCB đi vay tại 3 ngân hàng nhưng chỉ có các bị cáo bị truy tố. Hai bị cáo thừa nhận quy trình tín dụng có sai sót khi cho ông Danh vay, nhưng đó là vấn đề nghiệp vụ của cấp dưới. Do đó, bị cáo Trầm Bê đề nghị xem xét khách quan toàn diện vụ án để đảm bảo truy tố đúng người đúng tội, không oan sai, không bỏ lọt tội phạm.
Thứ ba, Hội đồng xét xử nhận định các bị cáo cán bộ ngân hàng BIDV chi nhánh Gia Định đã vi phạm điểm D khoản 1 điều 127 Luật TCTD. Chứ không phải vi phạm khoản 3 điều 126 Luật TCTD như cáo trạng, nên cần trả hồ sơ để xác định lại.
Thứ tư, trong quá trình xét hỏi, dòng tiền 6.126 tỷ đồng được xác định sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau cho VNCB như trả lương nhân viên, trả khoản nợ cho VNCB, đồng thời có ý kiến cho rằng Phạm Công Danh và đồng phạm có chiếm đoạt tài sản... Do đó cần điều tra làm rõ việc Phạm Công Danh và đồng phạm có chiếm đoạt tài sản này không.
Thứ năm, VKS giữ quyền công tố đã đưa yêu cầu thu hồi 6.126 tỷ đồng từ 3 ngân hàng để trả lại cho VNCB. Tuy nhiên, Hiệp hội ngân hàng và chính các ngân hàng có ý kiến cho rằng chấp thuận yêu cầu của VKS thì sẽ gây ảnh hưởng tới thị trường tài chính. Do đó, Tòa cho rằng cần làm rõ Phạm Công Danh đã làm trái, căn cứ để thu hồi, từ đó giải quyết có căn cứ về đề nghị này.
Thứ sáu, bị cáo Phạm Công Danh có đề nghị thu hồi khoản 4.500 tỷ đồng vay từ BIDV đã chuyển về VNCB để tăng vốn điều lệ nhưng chưa được NHNN đồng ý. Tòa nhận xét đúng là khoản tiền này đã chuyển về và dùng cho VNCB vì tài liệu của Ngân hàng Nhà nước ghi nhận bút toán được thực hiện theo đúng quy định của Nhà nước. Do đó cần làm rõ vấn đề các bị cáo đã cố ý làm trái như cáo trạng, gây thiệt hại 6.126 tỷ đồng, nhưng đã dùng 4.500 tỷ đồng cho VNCB.
Tòa yêu cầu, trong trường hợp này cần xác định lại VNCB đã thiệt hại bao nhiêu tiền.