Đây là một trong những án điểm được Tổng bí thư Nguyễn Phú Trọng chỉ đạo xử lý. Cụ thể, Tổng bí thư yêu cầu các cơ quan tham gia phải xử lý vụ án trên tinh thần "không chịu bất kỳ một sức ép nào của bất cứ tổ chức, cá nhân nào, bảo đảm nghiêm minh, đúng người, đúng tội."
Phiên tòa đã bắt đầu từ ngày 19/7, đến nay đã kéo dài hơn một tháng. Tội danh truy tố Phạm Công Danh và các bị cáo đồng phạm là Cố ý làm trái quy định của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng, và Cho vay sai quy định của các tổ chức tín dụng. Tuy nhiên, đây chỉ là giai đoạn một của vụ án, việc mở rộng điều tra hiện vẫn đang tiếp tục, với việc đã khởi tố nhiều cán bộ ngân hàng tại BIDV, NHNN.
Ngoài ra, tại phiên toà, đại diện VKS cũng đã đề nghị hội đông xét xử khởi tố nhóm Phú Mỹ của bà Hứa Thị Phấn về hành vi lừa đảo, xem xét giảm án cho một số bị cáo trong vụ án. VKS cũng đề nghị truy thu tổng cộng 6.762 tỷ đồng các khoản tiền do hành vi sai trái mà có, trong đó từ nhóm Trần Ngọc Bích là 5.809 tỷ đồng và từ bà Hứa Thị Phấn là 950 tỷ.
Theo cáo trạng của VKS, Phạm Công Danh và các đồng phạm đã thực hiện 7 vụ rút 12.057 tỷ đồng ra khỏi VNCB, làm cho ngân hàng này thiệt hại tới 9.133 tỷ đồng. Đáng lưu ý, Phạm Công Danh khẳng định và có cam kết đủ khả năng khắc phục toàn bộ số thiệt hại này.
Cụ thể, trong việc làm khống hồ sơ nâng cấp hệ thống Corebanking rút ra và làm thiệt hại 62,276 tỷ đồng; Vụ lập hồ sơ khống thuê trụ sở 268 Tô Hiến Thành, P15, Q.10 Tp.HCM rút ra 201,6 tỷ đồng nhưng đã hoàn trả được 20 tỷ đồng và còn thiệt hại 181,6 tỷ đồng; Lập hồ sơ khống thuê trụ sở 816 Sư Vạn Hạnh, P12, Q10 TpHCM rút ra và làm thiệt hại 400 tỷ đồng;
Rút tiền không có chữ ký của chủ tài khoản nhóm Trần Ngọc Bích 5.190 tỷ đồng; Rút 300 tỷ đồng khỏi ngân hàng không có hồ sơ vay (liên quan đến 6 sổ tiết kiệm của 3 cá nhân thuộc nhóm Dr Thanh) làm thiệt hại 300 tỷ ;Rút 903 tỷ đồng dưới hình thức ủy thác đầu tư trái phiếu của Tập đoàn Thiên Thanh, gây thiệt hại 903 tỷ đồng;
Nâng khống giá trị các tài sản đảm bảo để vay trực tiếp tại VNCB 5.000 tỷ đồng. Khoản tiền này đã tất toán 300 tỷ đồng, có tài sản được định giá có lợi nhất cho bị can trị giá 2.605 tỷ đồng, VNCB thiệt hại 2.096 tỷ đồng.
Trong phần luận tội, Viện kiểm sát đã đề nghị mức án cho 36 bị cáo như sau:
-Phạm Công Danh 20 năm tù tội cố ý làm trái quy định, 20 năm tù vi phạm cho vay của các tổ chức tín dụng, tổng cộng hình phạt của 2 tội là 30 năm tù.
-Tuyên phạt bị cáo Phan Thành Mai về tội cố ý làm trái gây hậu quả nghiêm trọng 11-12 năm tù, 11-12 năm tù tội vi phạm cho vay, tổng cộng 24-26 năm.
-Mai Hữu Khương làm trái quy định 11-12 năm tội cố ý làm trái gây hậu quả nghiêm trọng; cho vay trái quy định tổ chức tín dụng 11-12 năm tù: 22-24 năm tù
-Hoàng Đình Quyết làm trái quy định 11-12 năm tội cố ý làm trái gây hậu quả nghiêm trọng; cho vay trái quy định tổ chức tín dụng 9-10 năm tù: tổng cộng 20-22 năm tù
-Nguyễn Quốc Viễn: 6-7 năm tù vì tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước, 8-9 năm tù vì vi phạm quy định cho vay, tổng hợp 14-16 năm tù
-Bạch Quốc Hào: 5-6 năm tù vì tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước, 7-8 năm tù vì vi phạm quy định cho vay, tổng 12-14 năm tù
-Phan Minh Tùng: 3-4 năm tù vì tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước, 6-7 năm tù vì vi phạm quy định cho vay, tổng 9-11 năm tù
-Phạm Việt Thép: 4-5 năm tù vì cố ý làm trái quy định của Nhà nước
-Trần Văn Bình, Nguyễn Thị Kim Vân, Lê Công Thảo, Đặng Đình Tuấn: 5-6 năm tù vì cố ý làm trái quy định của Nhà nước
-Lâm Thiên Thu, Bùi Thanh Nguyên, Thái Minh Thanh, Phan Anh Tuấn, Lê Khắc Thái, Lý Minh: 5-6 năm tù vì vi phạm các quy định về cho vay
-Võ Ngọc Nguyễn Bình, Huỳnh Nguyên Sang, Doãn Quốc Long, Nguyễn Quốc Sơn: 6-7 năm tù vì vi phạm các quy định về cho vay
-Nguyễn Quốc Thịnh, Nguyễn Văn Cường, Trần Thanh Tùng, Cao Phước Nhàn, Nguyễn Minh Phương, Nguyễn Hữu Duyên, Bùi Thị Hà Thu: 3-4 năm tù vì vi phạm các quy định về cho vay
-Hồ Thị Đi, Nguyễn An Vinh, Vưu Thị Diệu, Nguyễn Tấn Thành, Nguyễn Chí Bình, Nguyễn Minh Quân: 3 năm tù cố ý làm trái, 3 năm tù về tội vi phạm quy định cho vay. Cho hưởng án treo.
